Studi terdahulu terhadap  tengkorak, rahang, tangan, bahu, kaki, memang mengarah pada kesimpulan bahwa manusia kerdil Flores ini berevolusi dari manusia mdern Homo erectus. Namun jika dilihat lebih dalam lagi ternyata struktur rahang manusia kerdil Flores lebih primitif  jika dibandingkan dengan struktur rahang manusia modern. Artinya manusia kerdil Flores ini bukan hasil evolusi dari manusia modern Homo erectus
Diperkirakan manusia kerdil Flores ini merupakan salah cabang evolusi manusia yang terjadi sekitar 1,75 juta tahun yang lalu. Bahkan terdapat kemungkinan manusia kerdil Flores ini berevolusi lebih awal dari manusia kerdil Afrika Homo habilis
Jika manusia kerdil Flores berevolusi lebih awal dari manusia kerdil Afrika Homo habilis, maka tentu saja Indonesia akan menjadi perhatian dunia karena ada kemungkinan Indonesia merupakan salah satu pusat evolusi manusia disamping Afrika.
