Salah satu tantangan utama adalah ketidaksetaraan kemampuan militer antar negara peserta. Filipina, misalnya, menghadapi keterbatasan dalam armada laut dan udara dibandingkan dengan Malaysia dan Indonesia (Storey, 2018).
Kesenjangan ini berpotensi menciptakan ketidakseimbangan kontribusi operasional. Situasi tersebut dapat menghambat efektivitas kerjasama jangka panjang.
Selain itu, sensitivitas terhadap isu kedaulatan nasional menjadi kendala tersendiri. Prosedur pengejaran lintas batas harus dilakukan dengan sangat hati-hati untuk menghindari ketegangan diplomatik.
Keterbatasan anggaran juga menjadi tantangan besar dalam kelangsungan operasional TMP. Defence and Security Report (2019) mencatat bahwa operasi ini masih sangat bergantung pada pembiayaan domestik yang sering tidak konsisten.
Di sisi lain, kelompok bersenjata di kawasan juga terus beradaptasi. Mereka menggunakan perahu kecil tanpa tanda pengenal untuk menghindari deteksi patroli maritim.
Dari perspektif keamanan, Trilateral Maritime Patrols berhasil memberikan dampak signifikan. Peningkatan kehadiran militer di laut mempercepat respons terhadap berbagai ancaman.
Pertukaran intelijen maritim secara real-time memperkuat kecepatan dan ketepatan operasi. Mekanisme hak pengejaran lintas batas juga mempersempit ruang gerak kelompok kriminal.
Pendirian pusat komando di tiga negara anggota meningkatkan koordinasi operasional. Hal ini membuat respons terhadap insiden maritim lebih cepat dan efisien (Wezeman, 2019).
Namun, untuk menjaga momentum, upaya peningkatan kapasitas militer bersama tetap diperlukan. Termasuk di dalamnya investasi pada kapal patroli cepat, pesawat pengintai, serta sistem radar canggih.
Dari perspektif sosial-politik, TMP membawa perubahan besar dalam dinamika masyarakat lintas batas. Sebelum adanya patroli trilateral, perbatasan Sabah–Mindanao merupakan "wilayah abu-abu" yang minim pengawasan.
Aktivitas perdagangan informal, migrasi tidak terdokumentasi, dan interaksi budaya berlangsung bebas di kawasan tersebut. Setelah penguatan patroli, aktivitas ini menjadi lebih terbatas.
