3. Analisis Struktural
Analisis ini digunakan untuk mengatasi permasalahan dari analisis SWOT pada MSA. Analisis struktural menjelaskan tentang suatu sistem dengan menggunakan matriks yang menghubungkan seluruh komponen pada sistem tersebut dengan pembobotan. Manfaat dari analisis strukural pada MSA adalah untuk menstimulasi pemikiran mengenai sistem ekonomi wilayah beroperasi dan juga  dapat digunakan untuk mengevaluasi pilihan strategis dan skenario perencanaan, serta membantu dalam komunikasi dan diskusi untuk menentukan opsi pengembangan ekonomi yang lebih spesifik.
Manfaat MSA diantaranya :
1. Dapat mengetahui faktor-faktor dalam industri yang berpengaruh terhadap keunggulan kompetitif
2. Dapat mengukur kekuatan dan kelemahan dari suatu sektor industri
3. Dapat mengidentifikasi hubungan dan interdependensi dari faktor-faktor yang mendukung perkembangan suatu industri
4. Dapat mengidentifikasi kesempatan serta pasar untuk pengembangan ekonomi wilayah.
