Respon Pemerintah Indonesia sendiri selama ini tegas bahwa Papua adalah masalah dalam negeri dan pihak luar tidak perlu ikut campur dalam masalah Papua dan memandang bahwa status Papua sudah final sesuai dengan Penentuan Pendapat Rakyat (Pepera) pada tahun 1969 yang menyatakan bahwa Irian Barat adalah bagian dari Indonesia.
Namun, masalah Pepera ini menjadi pangkal persoalan oleh kelompok-kelompok yang menginginkan Papua merdeka. Mereka menilai bahwa Pepera tidak dapat diterima karena tidak dilakukan satu suara satu orang sehingga hasilnya perlu dipertanyakan lagi.
Melihat kasus Papua ini, Wakil Menteri Luar Negeri, Mahendra Siregar, berpendapat bahwa ada pihak-pihak lain yang melihat masalah Indonesia terhadap Papua melalui perspektif lain dan hal ini tidak dapat dibiarkan ini terjadi. Mahendra juga berpendapat bahwa pendekatan yang dilakukan oleh Pemerintah Indonesia ke Masyarakat Papua, yaitu pendekatan pembangunan infrastruktur harus digalakkan lebih lagi, ia berpendapat bahwa pembangunan infrastruktur sudah sesuai target nasional dan hanya tinggal meningkatkan efektifitas dari pembangunan saja yang perlu ditingkatkan lagi.
Namun, pendapat berbeda dilontarkan oleh pemerhati Papua dari CSIS, Vidhyandika Djati Perkasa, yang mengatakan bahwa tidak cukup melalui pendekatan pembangunan infrastruktur saja, namun pemerintah harus menangani dan menyelesaikan kasus-kasus HAM di Papua baik itu ditingkatan berat, moderat, dan ringan. Hal ini bertujuan agar Pemerintah Indonesia dapat memberikan sense of justice kepada masyarakat Papua dan masyarakat internasional.
Melihat dari rumitnya pangkal masalah yang ada di Papua, dimulai dari pelanggaran HAM nya dan keterkaitannya dengan politik luar negeri Indonesia menunjukkan bahwa mulai sekarang Pemerintah Indonesia harus lebih fokus dan berhati-hati dalam menyikapi masalah Papua ini. Pemerintah pusat diharapkan dalam bertindak dapat memuaskan seluruh elemen, terutama masayarakat Papua itu sendiri.
