Situasi pada tahun 70-han,  bisa dikatakan sebagai masa pancaroba bagi Al-Khairiyah Citangkil. Al-Khairiyah telah terpecah menjadi  dua blok, satu pihak blok ahli waris Ki Syam'un melalui Yayasan Ki Haji Syam'un dan dipihak lain adalah Dewan Pengurus Al-Khairiyah yang tergabung dalam Pengurus Besar (PB) Al-Khairiyah.
Dalam PB Al-Khairiyah inilah berkumpul para Kyai, kebanyakan masih murid Ki Syam'un seperti Kyi Ali Jaya, Prof.Sadeli Hasan, Kyai Thohir Hanafi, Kyai Syahim dan lainnya. Â Dua institusi ini sama sama mengklaim sebagai lembaga yang punya hak dalam penyelenggaraan Pendidikan Madrasah Al-Khairiyah.
Tahun 1977, bangunan Kampus Al-Khairiyah yang terletak di  Tegal Cabe Desa Ramanuju, sebagai pengganti asset Al-Khairiyah di Citangkil, di serah terimakan oleh Pemerintah Provinsi Jawa Barat. Adapun yang menerima saat itu adalah KH. Fatullah Syam'un mewakili Pesantren Al-Khairiyah,sedangkan yang menyerahkan adalah H. Aang Kunaefi sebagai Gubernur Jawa Barat.
Konsekwensi adanya serah terima bangunan komplek atau Kampus Al-Khairiyah ini, komplek Madrasah Al-Khairiyah  di Citangkil harus segera dikosongkan. Dengan demikian secara otomatis semua kegiatan terkait proses belajar mengajar di Madrasah Al-Khairiyah Citangkil harus segera dipindahkan karena lahannya akan dipergunakan oleh PT.Krakatau Steel.Â
Pasca penyerahan Kampus Al-Khairiyah kepada KH.Fatullah Syam'un yang merepresantikan ahli waris Ki Syam'un, merupakan puncak dari kekisruhan pengelolaan A-Khairiyah. PB Al-Khairiyah  tidak serta merta mau memindahkan penyelenggaraan proses belajar mengajar ke Kampus Al-Kairiyah di Tegal Cabe, tetapi justru memindahkan proses belajar mengajar ke Madrasah Al-Khairiyah yang ada di Kampung Delingseng,
Dengan adanya kejadian ini, telah mengindikasikan bahwa PB Al-Khairiyah tidak mengakui keberadaan Yayasan Ki Syam'un sebagai penyelenggara Pendidikan Madrasah Al-Khairiyah. Sejak saat itulah terjadi tarik menarik di internal Al-Khairiyah, bukan saja terhadap murid murid Madrasah, tetapi juga tarik menarik para pengasuh/guru/ustadz.
Nyata sekali bahwa telah terjadi perpecahan pengelolaan Al-Khairiyah, ada yang berkiblat ke Kampus Al-Khairiyah yang di Tegal Cabe, tetapi kebanyakan berkiblat ke Delingseng karena kebanyakan para Kyai/guru yang mengajar masih merupakan murid Ki Syam'un.
Sementara itu, madrasah Al-Khariyah yang diluar Citangkil, mulai menyelenggarakan pendidikan untuk tingkat Tsanawiyah dan Aliyah. Berbarengan dengan itupula, masing masing Madrasah Al-Khairiyah yang diluar Citangkil, banyak yang kemudian membuat Yayasan sendiri dalam melaksanakan penyelenggaraan pendidikannya.
Situasi seperti ini berlangsung hingga ahirnya para Kyai sepuh seperti Kyai Alijaya, Prof H.Sadeli Hasan, KH Syahim termasuk H.Rahmat Allah meninggal dunia. Dengan meninggalnya para kesepuhan Al-Khairiyah, Â kondisi Al-Khairiyah semakin memudar,
Indikasi pudarnya Madrasah Al-Khairiyah bisa dilihat antara lain, Madrasah Al-Khairiyah baik yang di Delingseng maupun di Kampus Al-Khairiyah tidak mampu menyedot banyak murid/santri, bahkan Madrasah yang di Delingseng lambat laun semakin surut.
Demikian halnya yang di Citangkil, bisa dikatakan berjalan dengan stagnan, bahkan pernah terjadi pula fase dimana fasilitas Kampus Al-Khairiyah dijadikan tempat kontrakan lantaran terjadi kefakuman dan hanya sedikit siswa yang belajar di Kampus Al-Khairiyah, bahkan ada masa dimana saat itu ada istilah para santri yang setia di Al-Khairiyah adalah kelelawar .
