Lee selanjutnya berperanan dalam SBS 's My Girl bersama Lee Da-hae dan Lee Dong-wook. Seri humor romantis ini jadi hit sepanjang penyiarannya baik dalam negeri atau di semua Asia, makin mengorbitkanLee Joon-gi jadi bintang Korean Wave.
Untuk film lanjutannya Fly, Daddy, Fly , disutradarai oleh Choi Jong-tae dan dibuat oleh Dyne Film-Guardtec, dia disampaikan dibayarkan 100 juta, relatif rendah ingat reputasinya yang bertambah sesudah King and the Clown. Ini karena kontrak diberi tanda tangan di awal Desember saat sebelum film di-launching saat Lee ialah artis yang tidak dikenali. Film ini menarik banyak perhatian dan liputan media antara penonton Tiongkok.
Di tahun 2007, Lee memfilmkan film bersama Korea - Jepang dengan judul Virgin Snow dengan artis Jepang Aoi Miyazaki , di mana dia berperanan sebagai pelajar transisi Korea. Virgin Snow sukses tempati status kesembilan di chart box office dan cetak rekor akseptasi ticket baru untuk film Korea yang di-launching di Jepang. Lee selanjutnya terima Penghargaan Bintang Baru di Festival Film Internasional Hawaii ke-27.
Di tahun yang serupa, dia berperan serta dalam film 18 Mei , yang didasari pada kejadian sekitar Pembantaian Gwangju tahun 1980. 18 Mei capai hasil box office yang baik sekali, dan dianugerahkan Film Feature Terbaik Anggrek Emas untuk tahun 2007. Tetapi, ada kritikan jika ke-2 produksi ini, bersama-sama dengan Fly, Daddy, Fly , "tidak berhasil harapan di box office atau memainkan Lee dalam peranan kecil."
Lee Joon-gi ambil peranan khusus sinetron pertama kalinya dalam sinetron tindakan MBC, Time Between Dog and Wolf , di mana dia berperanan sebagai agen NIS yang penuh sakit hati dengan runtutan kekerasan. Dia memenangi Excellence Award di MBC Sinetron Awards 2007 untuk performanya.
Sutradara Kim Jin-min memiliki pendapat sekian tahun selanjutnya jika itu ialah titik balik untuk Lee karena peranan itu memungkinkan untuk melepas citra "anak lelaki elok" dan menyorot background seni bela dianya.
- Baca:Â KDrama Vincenzo
2008-2009: Duta pariwisata dan konflik kontrak
Dari April sampai Juli 2008, Lee Joon-gi mainkan peranan tituler dalam SBS Iljimae, sebuah drakor aksi-periode berdasar narasi rakyat Tiongkok dari dinasti Ming mengenai watak bertopeng Robin Hood sepanjang zaman Joseon.
Adegan paling akhir capai peringkat pemirsa 31,4%, dan Lee selanjutnya terima Penghargaan Hebat Excellence di SBS Sinetron Awards 2008. Sinetron itu disiarkan di Jepang di aliran TV Tokyo.
Pada 29 Juli 2008, Lee dipilih sebagai Duta Besar untuk Festival Hallyu Seoul 2008. Dia diangkat sebagai Petinggi Mekanisme Hukum Kehormatan pertama semenjak konstitusi Tubuh Legislasi Pemerintahan untuk mengingati ulang tahun ke-60 mereka.
Pada September 2008, Lee Joon-gi mempunyai konflik kontrak dengan agennya Tutor Pertunjukan, yang sudah diberi tanda tangan semenjak Maret 2004 dalam kontrak terbatas sepanjang lima tahun.
Lee dituntut sebesar 500 juta karena menyalahi kontrak dan karena diperhitungkan sembunyikan 1 miliar dalam usaha untuk "membangun agennya sendiri dalam hubungannya dengan manajernya".
