Produk perikanan mengandung sejumlah mikroba, baik mikroba yang menguntungkan maupun merugikan. Mikroba ini hidup secara berdampingan, dan biasa disebut sebagai flora alami. Mikroba merugikan terdiri dari mikroba pembusuk dan patogen.
Segera setelah dipanen atau ditangkap, ikan akan mengalami serangkaian proses perombakan yang mengarah ke penurunan mutu. Kerusakan mikrobiologi pada produk perikanan dapat disebabkan oleh aktivitas mikroba pembusuk dan patogen, baik berupa bakteri, virus, jamur, kamir ataupun protozoa.
Mikroba patogen merupakan kelompok mikroba yang dapat menyebabkan penyakit. Produk perikanan yang mengandung mikroba patogen cenderung menjadi berbahaya bagi manusia yang mengkonsumsinya. Salah satu mikroba patogen adalah bakteri patogen.
Keberadaan bakteri patogen pada ikan atau produk ikan terkait dengan aspek kualitas yang berkaitan dengan keamanan dan kemunduran mutu produk perikanan. Bakteri patogen yang dikandung ikan dapat dibagi menjadi dua kelompok, yaitu bakteri yang asli (alami) terdapat pada ikan dan bakteri tidak asli terdapat pada ikan, yang keberadaannya akibat kontaminasi.
Bakteri Patogen Asli (Alami Terdapat pada Ikan)
Bakteri secara yang alami terdapat pada ikan adalah bakteri yang umumnya berada atau tersebar luas di lingkungan perairan.
Meskipun semua ikan dan produk ikan yang belum diproses, dapat terkontaminasi dengan satu atau lebih bakteri patogen, tetapi tingkat kontaminasinya biasanya rendah, dan tidak mungkin jumlah alami yang ada dalam ikan mentah dapat menyebabkan penyakit. Pengecualian adalah kasus pada bakteri patogen yang terkonsentrasi karena filtrasi (pada moluska atau kekerangan).
Di sisi lain, jumlah yang tinggi dari bakteri kelompok ini dapat ditemukan pada produk ikan sebagai hasil dari pertumbuhannya pada ikan setelah kematiannya. Situasi ini merupakan bahaya yang serius dengan risiko tinggi dapat menyebabkan penyakit. Oleh karena itu, pertumbuhannya (dan kemungkinan produksi toksin) harus dicegah. Jenis-jenis bakteri alami tersebut antara lain:
a. Clostridium botulinum tersebar luas di tanah, sedimen di air, dan pada ikan. Menyebabkan penyakit botulisme pada manusia, yang merupakan penyakit serius tetapi relatif jarang terjadi. Berupa keracunan yang disebabkan oleh toksin yang terbentuk dalam makanan. Gejalanya mual dan muntah yang diikuti oleh sejumlah gejala neurologis: gangguan penglihatan (kabur atau penglihatan ganda), kehilangan fungsi normal mulut dan tenggorokan, kelemahan atau kelumpuhan total, kegagalan pernapasan yang biasanya merupakan penyebab kematian.
Toksin botulinum tidak tahan panas, berarti dengan cara memasak yang biasa di rumah tangga dapat menghancurkan toksin yang terbentuk. Risiko keracunan terjadi pada makanan yang tidak dimasak sempurna sebelum dikonsumsi.
b. Vibrio sp. tersebar di laut dan membutuhkan Na+ untuk pertumbuhannya. Terdiri dari sejumlah spesies yang patogen bagi manusia. Penyakit yang ditimbulkan gastro-enteritik yang bervariasi, dari diare ringan sampai diare berair yang berlebihan (parah). Kebanyakan vibrio menghasilkan enterotoksin yang kuat.
