Di masa Soeharto, badan intelijen mendapatkan tempat yang lebih strategis, menjadi mata dan telinga Presiden. Soeharto membentuk Komando Operasi Pemulihan Keamanan dan Ketertiban (Kopkamtib).
Orang terdekat pun terpilih, dan militer memegang peranan penting. Ada Yoga Sugomo dan Soetopo Juwono. Adapula jabatan strategis lainnya yang dipimpin Ali Moertopo. Semuanya dekat dengan Keluarga Cendana.
Pada awal masa pemerintahan Gus Dur, ZA Maulani-lah yang menjadi kepala BAKIN. Ia beraliran konservatif dan "kanan."
Waktu itu ancaman teroris merajalela. Mahfud MD sebagai Menteri Pertahanan  memberikan rekomendasi kepada Gus Dur - Bakin loyo, tidak seperti pada era Orde Baru.  Â
Gus Dur pun mengambil keputusan nyeleneh. Maulani diganti dengan seorang perwira beragama Kristen, Arie Kumaat. Bagi Gus Dur, Kepala Intel tak harus seiman. Sebab yang lebih dibutuhkan adalah kesetiaan kepada Presiden.
Apakah Arie adalah orang Gus Dur? Tidak, namun bagi Gus Dur, seseorang yang berasal dari kalangan minoritas akan lebih loyal. Prinsip ini sama seperti yang diyakini oleh LB. Moerdani.
Sewaktu Megawati menjadi Presiden, Kepala badan intelijen sebagai orang dekat presiden belum berubah . Adalah Hendropriyono yang terpilih. Ia dekat dengan sosok Megawati dan juga PDI Perjuangan.
Di zaman SBY, Mantan Kapolri Sutanto yang ditunjuk. Hal ini mendobrak kebiasaan. Sebelumnya kepala badan intelijen umum dari kalangan militer. Namun, bukan soal sipil atau militer. Ini soal orang kepercayaan.
Era Jokowi
Akan tetapi, hal yang sama sepertinya tidak terjadi di zaman Jokowi. Sutiyoso adalah mantan sosok militer senior, Gubernur DKI dan juga pendiri PKPI.
Namun, ia tidak memiliki kedekatan khusus dengan Jokowi. Ada indikasi jika Jokowi ingin "membalas jasa" kepada PKPI sebagai partai pendukung.
