Pada akhirnya membawa BJ. Habibi turut berpolitik dan mengembangan dunia kedirgantaraan Indonesia saat itu menjadi wakil presiden di rezim Soeharto.
Tetapi dalam pertaruhan politiknya, yang sampai pada masa krisis ekonomi 1998 mengakibatkan gelombang protes di Indonesia dan membuahkan reformasi membentuk Indonesia demokrasi.
Tidak hanya itu  BJ. Habibi juga dihadapkan pada masalah pelik provinsi Timor Timur yang ingin merdeka dari Indonesia.
Maka menyusul berbagai kasus oprasi militer saat itu melawan pejuang kemerdekaan Timor Timur yang saat ini berganti nama menjadi Timor Leste menjadi konflik yang tidak berkesudahan.
Pasca presiden Soeharto mundur dari jabatannya, BJ. Habibi naik sebagai presiden, menghadapi inflasi tinggi, suku bunga tinggi, dan PHK terjadi dimana-mana.
Untuk itu dirinya mengubur mimpi mewujudkan kedirgantaraan Indonesia yang maju dengan produksi pesawat terbang sendiri  yang sudah menjadi cita-citanya dilimpahkan untuk memperbaikai ekonomi pasca krisis 1998.
BJ. Habibi juga melepas dan mempersilahkan Timor Timur merdeka dari Indonesia disebabkan oleh sisi historis Timor timur serta mengakhiri tumpahnya darah diakibatkan oleh peperangan yang terus berlangsung tentara Indonesia dengan pejuang kemerdekaan Timor Timur.Â
Bukan berlatar belakang sebagai politikus, melainkan adalah intelektual yang mengutamakan pertimbangan rasional dalam berkeputusan. BJ. Habibi telah menciptakan suatu kesadaran baru dalam berpikir sebagai sebuah narasi kepemimpinan yang penting bagi indonesia.
Rocky Gerung seorang akademisi yang bersingungan langsung dengan filsafat kepemimpinan sendiri sebagai tradisi berpikir mengungkapkan bahwa;
"Kepemimpinan harus kembali pada kemampuan dari kecerdasan berpikir seorang pemimpin, dimana keontetikan pemimpin sendiri diperlukan supaya dikenang sebagai sebuah trobosan dalam berpikir membuat suatu kebijakan".
Untuk itu bagi masyarakat Indonesia, BJ. Habibi dicap sebagai negarawan yang dimana sisi intelektualitasnya sebagai pemimpin Negara disebut otentik.
