Banjir di Kabupaten Minahasa biasanya terjadi pada musim hujan pada bulan November hingga April. Hujan deras dan berkepanjangan dapat menggenangi sungai dan saluran air serta menggenangi pemukiman penduduk setempat. Banjir seringkali menimbulkan akibat yang sangat merugikan bagi masyarakat, seperti B. rusaknya infrastruktur, hilangnya mata pencaharian bahkan kematian.
Selain banjir, kejadian cuaca ekstrim, tanah longsor dan banjir bandang sering terjadi di Kabupaten Minahasa. Tanah longsor biasanya terjadi di daerah pegunungan dan sering terjadi akibat curah hujan yang tinggi sehingga menyebabkan tanah menjadi labil dan labil. Banjir bandang juga sering terjadi di daerah ini, terutama di sepanjang aliran air yang curam.Â