Kabupaten Kupang terletak pada 919 - 1057 Lintang Selatan dan 12130 - 12411 Bujur Timur; wilayah kabupaten terselatan di Indonesia. Memiliki 24 pulau, 3 yang berpenghuni, yakni:
- Pulau Timor dengan luas 4.937.62 km
- Pulau Semau dengan luas 246.66 km
- Pulau Kera seluas 1,5 km sedangkan sisanya 21 pulau merupakan pulau-pulau tidak berpenghuni.
