Manado dengan persebaran bukit disisi timur, kota ini memiliki potensi bencana seperti banjir dan tanah longsor.
Banjir terjadi di kota Manado akibat hujan lebat yang turun selama beberapa hari dan das sungai-sungai yang melintas di kota ini menjadi terpusat dan mengalami overflow. Hal ini membuat sejumlah daerah di kota Manado menjadi banjir dan mengakibatkan kerugian materiil dan jiwa.
Tanah longsor terjadi di daerah-daerah yang berbukit di kota Manado. Daerah-daerah ini sering terjadi tanah longsor akibat hujan lebat dan dominasi batuan yang sudah mengalami pelapukan kuat. Pelapukan dan pembebanan ditambah curah hujan yang tinggi di Manado dapat menjadi trigger dari pergerakan tanah.
