Kesenjangan yang terjadi seperti tunjangan yang lumayan besar pada tahun-tahun awal pertama para transmigran dan menyebabkan kecemburuan bag para penduduk setempat. Selain itu, kesenjangan sosial terjadi antara perbedaan pendapatan yang tidak meratabagi si kaya dan si miskin. Tidak dapat mengkritik dan oposisi diharamkan. Kebebasan pers sangat dibatasi. Penggunaan kekerasan untuk menciptakan keamanan, seperti program"Penembakan Misterius" (Petrus). Soeharto juga terlibat dalam kasus KKN (Kolusi, Korupsi, serta Nepotisme).
3. BJ. Habibie (1998-1999)
BJ Habibie adalah presiden ke-3 Indonesia. BJ adalah singkatan dari Bacharuddin Jusuf. BJ Habibie mempunyai hobi dibidang otomotif terutama  pesawat. Ia banyak meporoleh prestasi selama masa hidupnya, salah satunya adalah Pesawat N250 Gatot Kaca yang menjadi bukti bahwa Indonesia mampu membuat produk pesawat sendiri untuk bersaing di kancah Internasional.
BJ. Habibie memiliki karakteristik kepemimpinan yaitu seorang ilmuan yang sangat jenius, akrab dalam bergaul, sangat disiplin, detail, suka uji coba, sabar, penyayang keluarga, spontanitas, dan responsif dalam perubahan.
Gaya kepemimpinan BJ. Habibie adalah gaya kepemimpinan dedikatif-fasilitatif, kepemimpinan yang demokratif, liberal, dan mengambil keputusan dengan hati nurani.
Kelemahannya yaitu ia kurang tegas, walaupun pintar tetapi kurang dalam hal memimpin, kurang kharismatik. Ia terlalu cepat daam mengeluarkan kebijakan yang ia keluarkan. Contohnya, BJ Habibie dinilai terlalu tergesa-gesa untuk melepaskan Timor-Timor.
4. K. H Abdurrahman Wahid (1999-2001)
K.H Abudrrahman Wahid ataupun yang lebih diketahui dengan Gus Dur memiliki karakteristik kepemimpinan yaitu tidak disiplin dalam memanfaatkan waktu, pintar, agamis, penyuka ketentraman dan ketertiban, humoris, ceplas-ceplos, apa adanya, simple, serta menjunjung tinggi plularisme. Pluralisme yang artinya bahwa Gus Dur menghargai adanya perbedaan di Indonesia yang meliputi suku, ras, gender, serta agama. Perilaku pluralisme yang tercerminkan pada Gus Dur yaitu ia yang membela kaum minoritas maupun kaum muslim tanpa terkecuali. Gus Dur juga membuka kesempatan untuk saling berkolaborasi.
Gaya kepemimpinannya yaitu ia seseorang yang agamais karena anak seorang ulama, gaya kepemimpinannya responsif-akomodatif, tidak pancasilais, serta melarang paham marxisme-leninisme. Tidak hanya itu, Gus Dur juga mencabut Instruksi Presiden Nomor 14/1967 yang dikeluarkan oleh Soeharto yang berisi bahwa adanya pelarangan ras Tionghoa untuk melakukan budaya tradisional mereka di wilayah Indonesia. Kebijakan yang ia buat memberikan dampak positif pada penduduk dan dinilai bahwa gaya kepemimpinan Gus Dur ialah karismatik-transformasional. Ini menekankan kalau Gus Dur memiliki karakter yang mampu memberikan pengaruh optimis, supel, serta positif. Karena kerakternya, ia membuat masyarakat 'kagum' dan memberikan feedback yang positif terhadap kebijakannya. Gaya kepemimpinan Gus Dur transformasional yang menekankan pada perubahan besar yang ia bawa lewat beberapa kebijakan maupun peraturan.
