Kuntowijoyo dan M. Dawam Rahardjo merupakan kelompok terakhir yang telah lama mengalami pergulatan wacana ini yang mereka sadari sebagai isu pertarungan ideologi Islam yang berhadapan dengan Barat. Kelompok ini juga "dibesarkan" dalam kajian-kajian intensif, seperti kajian limited group di bawah asuhan A. Mukti Ali, sang menteri agama, dan pertemuan-pertemuan diskusi di berbagai tempat. Tidak berlebihan untuk dikatakan bahwa kedua intelektual ini adalah di antara para "arsitek awal" yang idenya paling mendalam dan sistematis, bahkan figur M. Dawam Rahardjo juga pada saat yang sama merupakan pelaku nyata dari integrasi ilmu di Indonesia melalui konsep dan aplikasinya dalam bidang "ekonomi Islam".
Kuntowijoyo dalam ungkapan awalnya, dalam buku Islam sebagai Ilmu dengan mengatakan bahwa: "Saya tidak lagi memakai "Islamisasi pengetahuan", dan ingin mendorong supaya gerakan intelektual umat sekarang ini melangkah lebih jauh, dan mengganti "Islamisasi pengetahuan" menjadi "pengilmuan Islam".
Dari reaktif menjadi proaktif Pengilmuan Islam adalah proses, Paradigma Islam adalah hasil, sedangkan Islam sebagai ilmu adalah proses dan hasil sekaligus. Gagasan islamisasi ilmu pengetahuan pada hakikatnya muncul sebagai respon atas dikotomi antara ilmu agama dan sains yang dimasukkan Barat sekuler dan budaya masyarakat modern ke dunia Islam.
Kemajuan yang dicapai sains modern telah membawa pengaruh yang menakjubkan, namun di sisi lain juga membawa dampak yang negatif, karena sains modern (Barat) kering nilai atau terpisah dari nilai agama.
