Update Pandemi: Ancaman yang Berevolusi, Bagian 2/3

Apakah Infeksi Kronis Menurunkan Varian-varian Baru yang Berbahaya?
Varian-varian baru SARS-CoV-2 memiliki dampak besar di seluruh dunia, meningkatkan kasus COVID-19 dan angka kematian, tetapi masing-masing virus itu membuat perubahan penting karena membelah dalam sel-sel manusia yang terinfeksi.

Sifat dari infeksi tersebut, seberapa cepat replikasi dan untuk berapa lama, bisa menentukan kemungkinan bahwa virus-virus itu akan memunculkan mutan-mutan baru dan lebih merepotkan, kata para peneliti.

Setelah seseorang terinfeksi, virus mulai berkembang biak dengan kecepatan yang memusingkan, menghasilkan miliaran partikel virus dalam beberapa hari.

Karena kesalahan salinan kecil terjadi selama setiap siklus replikasi, berbagai macam genom yang sedikit berbeda dengan cepat muncul. Dengan genom SARS-CoV-2 yang hanya mencakup 30.000 nukleotida, dan hanya 3 cara untuk mengubah 1 posisi, setiap mutasi  mungkin muncul pada individu yang terinfeksi.

Sebagian besar perubahan tersebut tidak memberikan manfaat apa pun bagi virus, dan bahkan perubahan yang hanya memiliki peluang kecil untuk ditularkan ke orang berikutnya.

Sebuah makalah yang diterbitkan pada 2020 memperkirakan bahwa sekitar 1.000 partikel virus ditularkan ketika 1 orang menginfeksi orang lain, tetapi analisis ulang oleh Katia Kolle dari Universitas Emory dan seorang rekannya, yang diterbitkan sebagai pracetak pada  Februari 2020, menyimpulkan bahwa 99% dari semua penularan yang berhasil berasal dari 3 atau lebih sedikit partikel virus.

Sebuah kajian yang diterbitkan di Science pada April 2020 oleh ahli biologi evolusi Katrina Lythgoe di Universitas Oxford menempatkan jumlah partikel virus yang ditularkan pada infeksi antara 1 hingga 8.

Ini berarti bahwa, kecuali jika mutasi muncul lebih awal dan memberi virus keuntungan yang begitu besar sehingga dengan cepat menjadi dominan dalam inang, virus memiliki kemungkinan kecil untuk ditularkan, yang menempatkan rem pada evolusi virus.

"Secara umum dianggap bahwa ketika kemacetan penularan ketat, itu memperlambat evolusi adaptif di tingkat populasi," jelas Kolle.

Itu mungkin terdengar seperti kabar baik bagi umat manusia, tetapi itu diimbangi oleh sejumlah besar infeksi SARS-CoV-2 secara global, kata Jesse Bloom, ahli biologi evolusi di Pusat Penelitian Kanker Fred Hutchinson. Selain itu, virus mungkin memiliki jalan pintas. Pada sebagian besar orang, sistem imun mengekang infeksi dalam beberapa hari, tetapi beberapa orang mengembangkan infeksi kronis yang berlangsung berbulan-bulan.

Itu memberi waktu bagi mutasi untuk menumpuk dan menjadi dominan, sehingga meningkatkan peluang penularannya. "Dalam infeksi akut yang berumur pendek, evolusi 'lebih mirip rolet,'" kata Klle, "tetapi dalam kasus kronis, Anda memiliki waktu yang dibutuhkan untuk beradaptasi dengan lingkungan itu."