Yayasan Pendidikan Kristen (YPK) adalah salah satu yayasan yang menyelenggarakan pendidikan di Tanah Papua sejak misi pekabaran Injil dimulai, lembaga ini juga sebagai peletak awal bagi landasan pembangunan manusia Papua.
Pendidikan Kristen di tanah Papua berawal dari masuknya para misionaris pada tahun 1885. Saat itu pendidikan non-formal sudah dimulai, barulah pada tahun 1962 berubah nama menjadi Yayasan Pendidikan Kristen.
Pada tanggal 8 Maret 2018 kemarin, YPK telah mencapai usia 56 tahun, suatu usia yang  tidak muda lagi.
YPK yang sebelumnya bernama asli Stchting Voor Christelyk Onderwys, kemudian diIndonesiakan menjadi Yayasan Persekolahan Kristen, lalu mengalami perubahan lagi menjadi Yayasan Pendidikan Kristen. Pada akhirnya disesuaikan lagi setelah terjadi perubahan nama dari Provinsi Papua sehingga ditambahkanlah frasa "di Tanah Papua", sehingga nama YPK yang kita ketahui hingga saat ini adalah Yayasan Pendidikan Kristen di Tanah Papua".
Sejarah perkembangan YPK seperti dijelaskan dalam laman GKI Tanah Papua, bahwa YPK mengalami pasang surut perkembangan yang dapat dikategorikan menjadi 4 periode.
Periode 1885-- 1956, masa Zending
Dalam kurun waktu ini, pekabaran injil dan pendidikan dilakukan sejalan, dan ketika itu ditangani oleh Zending/misi pekabaran injil yang dilakukan bersama dengan berbagai gereja pendukung seperti, Zending Nederlands Herwom de Kerk (ZNHK), Doops Zending Vereeniging (DZV), Gereja Protestan Maluku (GPM), Â dan Misi Katolik Daerah (MKD).
Periode 1956 -- 1962, masa Transisi
Selama kurun waktu ini, terjadi beberapa peristiwa penting yang sangat mempengaruhi perjalanan misi pekabaran Injil dan pendidikan di Tanah Papua. Pada tanggal 26 Oktober 1956, Gereja Kristen Injili (GKI) di Tanah Papua diproklamasikan sebagai suatu gereja yang resmi dan mandiri. Dengan demikian Zending mengurangi aktivitasnya dan sebagian besar wewenang dipercayakan kepada GKI. Pada tahun 1961, terjadi konflik antara Pemerintah Republik Indonesia dan Kerajaan Belanda tentang masalah Papua. Konflik ini mengakibatkan pada tahun 1961-1962, pihak Belanda secara berangsur-angsur meninggalkan tanah Papua dan kembali ke negerinya.
Periode 1962 -- 2000, masa GKI
Pada 8 Maret 1962, tanggung jawab pengelolaan pendidikan di tanah Papua dari Zending di serahkan penuh kepada GKI Di Tanah Papua. Pada masa inilah terjadi perubahan nama Yayasan, dari Stchting Voor Christelyk Onderwys, di Indonesiakan menjadi Yayasan Persekolahan Kristen. Periode ini juga ditandai dengan dengan mundurnya gereja-gereja pendiri yayasan, seperti ZNHK, DZV dan GPM dan hanya menyisakan GKI. Serta berhentinya subsidi atau bantuan dari pemerintah Kerajaan Belanda untuk pendidikan di Tanah Papua yaitu, Lager Onderwys Soebsidie Ordonatie (LOSO) atau bantuan untuk pendidikan dasar, dan Middelbaar Onderwys Soebsidie Ordonatie (MOSO) atau bantuan untuk pendidikan menengah.
