Pondok pesantren yang ada di indonesia hampir 80 persen berafiliasi dengan NU, sisanya berafiliasi dengan organisasi keagamaan lain, seperti muhammadiyyah,Persis,Hidayyatullah, salafi. Santri di pondok-pondok pesantren NU belajar dengan sangat sistematik mulai dari kelas dasar yang belajar gramatikal arab(sorof, nahwu), tajwid, tauhid, sejarah islam. ketingkatan aliyah santri dipondok pesantren NU Â belajar mengkaji tafsir al-quran, sohih bukhori dan muslim, mantik, balagoh. Ushul fiqih, ilmu tafsir, ilmu falak, ilmu faraid(waris) dan Kitab-kitab fiqih serta kitab tasawuf.
Para santri sangat mumpuni untuk memahami ajaran-ajaran islam sebab mereka belajar dengan sistematik dan memakan waktu yang lama serta kontinue. Di perguruan tinggi islam yang ada di indonesia keilmuan yang dikaji hampir sama apa yang dikaji di pondok pesantren NU, namun di perguruan tinggi hanya dalam satu semester yang sangat kurang untuk memahami keilmuan keislaman secara komperhensif.Â
Berbeda dengan santri pondok pesantren NU mereka belajar dalam satu tahun untuk memahami satu pelajaran dengan berbagai cara; pertama, ta'rif yakni guru memberikan informasi ke para santri. Kedua, ta'lim, yakni guru dan murid saling berdiskusi untuk membahas permasalahan.Ketiga, Musyawarah, yakni para santri mendiskusikan masalah dan saling berargumen dengan dalil-dalil yang dimiliki oleh para santri.
Para santri juga memiliki tri drama pondok pesantren. Mereka sejak dini diajarkan untuk mengabdikan dirinya ke masyarkat, serta mengamalkan keilmuan yang di dapatkan sewaktu belajar dipondok. Banyak para santri setelah lulus dari pondok pesantren mereka mengabdikan dirinya untuk masyarakat sekitarnya dengan membantu mengajar di langgar atau mushala. Para santri tersebar diberbagai wilayah indonesia mereka menyebarkan ajaran-ajaran islam yang rahmatan lil 'alamin sebagai bentuk pengabdianya ke pada negara dengan memberikan nasehat dan mengajak kebaikan tanpa mengaharapkan bayaran.
Para santri meskipun dia sudah bergelar profesor, Mereka masih terus mengabdikan kepada masyarkat. Seperti prof. Said aqil siradj, prof. Qurasy sihab. Prof. Akhsin sakho muhammad. Prof. Abd Syakur yasin. Hal ini menandakan pengajaran yang diterapkan di pondok pesantren memiliki nilai yang tidak dimiliki oleh lemabaga pendidikan lain. Lembaga Pendidikan selain dipondok pesantren mereka tidak bisa menerapkan nilai pengabdian untuk negara, yang hanya berorentasi pada materi.
Tak heran seperti Gus Dur sampai akhir khayatnya masih memikirkan keadaan bangsa. Â karena apa yang diterima sewaktu gus dur belajar dipondok pesnatren yang berafiliasi dengan NU ( pondok tegalrejo, bahrul ulum). Berkat pengajaran keilmuan dan ahklak yang diterimanya di pondok pesantren membuat gus dur memiliki jiwa kebangsaan yang tidak bisa dimiliki oleh orang yang berlajar di lembaga pendidilan lain.
Bukti-bukti yang sudah dipaparkan setidaknya memberikan gambaran kepada masyarakat umum bahwa santri bukan hanya memiliki keilmuan keislaman yang komperhensif tetapi memiliki jiwa pengabdian kepada negara. Selayaknya para lulusan pondok pesantren diakui keilmuannya dengan diberikan  sertifikasi pengajar  agama Islam yang bisa mengajar diberbagai lembaga-lembaga pendidikan yang membutuhkan pengajar.
