Terlepas dari fenomena pendidikan fullday school yang sedang marak, ada hal yang justru kita perlu perhatikan lagi yaitu paradigma pendidikan umum dan pendidikan agama. Pendidikan umum oleh masyarakat indonesia diartikan sekolah umum baik SD, SMP, SMA berbeda dengan pendidikan agama yang selalu dikaitkan dengan pondok pesantren. Paradigma ini memunculkan sekat yang tinggi dimana orang berfikir bahwa Ilmu umum meliputi sains, sosial, matematika, dan sastra hanya dipelajari di sekolah dan Ilmu agama hanya dipelajari di pesantren. Parahnya lagi kita menganggap bahwa ilmu terdiri ada ilmu umum dan ilmu agama.
Fenomena ini merupakan design penjajah belanda untuk memisahkan pendidikan Indonesia yang begitu kompleks meliputi keduanya. Ahlaq, budi pekerti, kejujuran, dipadukan dengan keterampilan substansi pengetahuan  merupakan pola pendidikan yang ideal di Indonesia yang telah diterapkan lama. Pendidikan model ini tentu menghasilkan generasi yang tidak hanya cerdas pengetahuan tetapi juga cerdas dalam berperilaku. akan tetapi kemudian pola pendidikan tersebut dipisah dan membuat siswa didik perlahan mulai mengabaikan proses dan cenderung berorientasi pada hasil.
Tujuan memisahkan pendidikan tersebut adalah supaya generasi bangsa indonesia hanya terampil dalam satu bidang saja sehingga menjadi bangsa yang kerdil. Terampil fisik saja tanpa terampil spiritual, terampil spiritual tanpa terampil secara fisik. Generasi bangsa menjadi tidak memiliki karakter yang baik. Fakta yang dapat kita lihat adalah dimana banyak orang pandai tetapi memiliki ahlak yang buruk atau orang yang berakhlak baik memiliki kepandaian dan wawasan yang rendah. Banyak orang yang korupsi bukan dari kalangan orang berpendidikan rendah, dan juga banyak orang yang memiliki kontribusi untuk kesejahteraan bukan dari kalangan orang berpendidikan tinggi. Idealnya keduanya seharusnya beriringan dengan seimbang.Â
Pembedaan ilmu umum dan agama kemudian melahirkan persepsi bahwa sekolah di pesantren memiliki peluang yang kecil untuk sukses di dunia, sedangkan orang yang sekolah bukan di pesantren merasa bahwa agama tidak menjadi bagian utama mata pelajaran yang harus dipelajari. Hal ini yang menjadikan pemahaman generasi bangsa Indonesia menjadi sekuler. Berawal dari paradigma ini kemudian masyarakat indonesia akan memahami segala sesuatu secara terpisah dan tidak dikaitkan dengan agama. Agama dalam hal ini bukan seperangkat aturan yang ditentukan, melainkan nilai universal yang terdapat pada setiap agama. Budi pekerti, saling menolong, gotong royong, kejujuran, kedamaian, dan lainnya adalah nilai universal agama. Semua agama menjunjung tinggi nilai nilai tersebut.
Seharusnya nilai-nilai itu juga beriringan disampaikan didalam proses pendidikan sehingga tidak ada lagi pendidikan umum dan pendidikan agama.
