Masjid, menjadi pusat proses pembelajaran, ibadah dan aktivitas lainnya. Fungsi masjid sangat diperlukan oleh semua warga pondok. Fungsi elemen masjid di pondok pesantren tidak ada bedanya dengan fungsinya di masa Rasulullah Saw.
Pondok, tempat tinggal warga. Sebuah pondok juga disebut sebagai social environmet -- miniatur dari kelompok sosial yang lebih besar -- dari suatu masyarakat. Pondok juga menjadi sistem yang baku dan diterpakan ke semua jenis pondok.
Kitab kuning, istilah ini hanyalah istilah umum, hakikatnya kitab yang dipelajari di pondok -- terutama pondok salaf -- adalah kitab dalam berbahasa Arab dan tidak mempunyai harakat. Setiap pondok kebanyakan memiliki kesamaan dalam kurikulumnya, misalnya kitab akidah yang memiliki kitab dasar berjudul Aqidah al-Awwam karya Syekh Ahmad al-Marzuki al-Maliki dan masih banyak yang lainnya.
Setidaknya, kelima unsur di atas merupakan ruh sebuah pondok. Kehilangan salah satu unsur membuat sebuah instansi pondok menjadi cacat. Kendati demikian, bukan hanya memenuhi kelima unsur tadi, keharmonisan kelima elemen itu juga sangat berpengaruh terhadap langgengnya perjalanan sebuah pondok pesantren.
