Hampir satu abad usia Pondok Pesantren Kempek Cirebon. Sebagai pesantren tua Pesantren Kempek ini menjadi saksi bangan Islam di pesisir Utara Jawa Barat pada awal abad ke-19 bahkan pesantren ini juga ikut berperan dalam menyebarkan agama Islam khususnya di wilayah Cirebon dan sekitarnya.Â
Pesantren yang terletak di Desa Kempek, Kecamatan Ciwaringin, Kabupaten Cirebon didirikan oleh Kyai Haji Harun bin Kyai Haji Abdul Jalil. Beliau merintis pesantren ini dengan semangat untuk menyebarkan agama Islam di wilayah Cirebon dan sekitarnya. Meski bukan pesantren yang pertama di wilayah tersebut telah mengukir kan prestasi tersendiri di hati masyarakat Cirebon.
Dalam perjalanan waktu Pesantren Kempek telah banyak mengalami kemajuan dari segi sarana fisik maupun nonfisik hingga seperti saat ini. Tersebut tak lepas dari kepemimpinan dari masing-masing kyai pada zamannya.Â
Sejak Kyai Haji Harun wafat pada tahun 1935 kepemimpinan pesantren diteruskan secara berturut-turut oleh Kyai Haji Yusuf 1935 sampai 1949, dilanjutkan oleh Kyai Haji Umar Soleh pada tahun 1949 sampai 1999 dan terakhir Kyai Haji Aqil Siroj menantu dari Kyai Haji Harun.
Dalam mengendalikan Pesantren Kempek ini Kyai Haji Aqil Siroj dibantu sejumlah Kyai yang antara lain adalah Kyai Haji Habib Usman Yahya (Anggota DPR RI), Prof. Dr. K. H. Said Aqil Siroj (PBNU-MPR RI), K. H. Musthofa Aqiel Siroj, K. H. Fadlu Abbas, K. H. Ahsin, K. H. Ni'amilah Aqil sirodj, K. H. Harridan, H. Abdul Aziz Muslim, K. H. Dr. H. Agus Muhammad, Drs. M. Sholeh Mahfudz, H. Muhammad Afifi dan K. H. Ahmad Zaini Dahlan Lc.
Pesantren Salafiyah plus ini dikelola oleh Yayasan KHAS. Dalam mengefektifitaskan peranan dan fungsi pesantren di tengah-tengah masyarakat. Pada tahun 1960 mendirikan Majelis Tarbiyatul Mubtadiin (MTM) lembaga yang merupakan suatu kesatuan yang tak dipisahkan dengan Pesantren Kempek.Â
Untuk mendukung penyelenggaraan pendidikan Pesantren Kempek memiliki sarana dan prasarana yakni 45 unit asrama santri dengan 224 kamar, masjid Jami, mushola, 4 gedung belajar dengan 8 lokal, tiga ruang kantor, 29 lokal mandi, 3 unit Tower, 29 WC dan 1 perpustakaan.
Pendiri Pesantren ini hanya melaksanakan pendidikan Salafiyah (tradisional). Ini mulai menyelenggarakan pendidikan formal pada tahun 1995 dengan membuka Madrasah Tsanawiyah terbuka.Â
Pembukaan sekolah ini setelah agama memberikan kepercayaan kepada Pesantren Kempek sebagai model pola penuntasan wajib belajar pendidikan dasar sembilan tahun. MTS terbuka ini menginduk pada MTS Negeri Babakan ciwaringin Kabupaten Cirebon menggunakan kurikulum Departemen Agama.
Anggaran pendidikan pada MTS terbuka ini menggunakan sistem modul dengan fasilitas guru Pamong pada tiap tempat kegiatan belajar. Untuk mendukung kegiatan belajar mengajar di MTS terbuka terdapat guru Pamong dan guru binaan. Guru Pamong berpendidikan minimal SLTA sederajat memiliki kemampuan serta berasal dari Pondok Pesantren yang ditetapkan langsung oleh pimpinan Pesantren Kempek. Sedangkan buruh binaan berasal dari MTSN induk.
