Keberadaan Staf Khusus di suatu kementerian sudah ada sejak periode pertama Pak SBY sebagai Presiden. Bahkan di lembaga Kepresidenan juga ada beberapa orang Staf Khusus yang diangkat, sama halnya di kantor Wakil Presiden dengan jumlah yang lebih sedikit.
Tidak ada yang salah dengan keberadaan Staf Khusus sepanjang diletakkan pada fungsi dan tugas yang melekat pada seorang Staf Khusus. Ada juga Staf Khusus yang efektif dalam melaksanakan tugasnya, sehingga penyelenggara negara dalam membuat kebijakan publik, produktif, efektif dan berorientasi pada kepentingan masyarakat.
Mengacu pada Perpres Nomor 68 Tahun 2019 Tentang Organisasi Kementerian Negara, uraian tentang Staf Khusus lebih banyak pasalnya dan mekanisme pengaturannya dibandingkan dengan Perpres  tentang hal yang sama di periode Pak SBY.
Dalam Perpres  68/2019, Staf Khusus tidak dapat diangkat langsung oleh Menteri, tetapi namanya diajukan ke Presiden, dan jika Presiden setuju baru diserahkan kepada menteri terkait untuk diterbitkan Surat Keputusannya.  Artinya Staf Khusus yang diangkat Menteri tidak terlepas dari kontrol Istana melalui Mensekneg.
Perbedaan mendasar antara Staf Ahli dengan Staf Khusus adalah Staf Ahli jabatan organik, satu kesatuan dengan organisasi kelembagaan kementerian. Staf Ahli sebagai ASN dengan Jabatan Pimpinan Tinggi Madya, sedangkan Staf Khusus tidak masuk dalam Jabatan Pimpinan Tinggi Madya maupun Pratama. Walaupun tidak masuk dalam JPT, tetapi hak keuangan dan fasilitas lainnya maksimal  setara JPT Madya.
Jika dilihat tugas Staf Ahli dan Staf Khusus ada irisan tugas, yang jika tidak diperjelas oleh Menteri, maka SAM ( Staf Ahli Menteri) dan SKM (Staf Khusus Menteri) akan saling tumpang tindih. Kita cermati apa tugas SKM, yaitu "mempunyai tugas memberikan saran dan pertimbangan kepada Menteri atau Menteri Koordinator sesuai penugasan Menteri atau Menteri Koordinator".
Penugasan yang diberikan oleh Menteri atau Menteri Koordinator adalah "penugasan yang bersifat khusus selain bidang tugas unsur-unsur organisasi Kementerian atau Kementerian Koordinator". Sedangkan SAM tugasnya adalah "memberikan rekomendasi terhadap isu-isu strategis kepada Menteri  atau Menteri Koordinator sesuai keahliannya."
Prinsipnya kedua jabatan tersebut memberikan masukan atau rekomendasi kepada Menteri, terkait persoalan diluar urusan yang sudah ditangani JPT Madya struktural kementerian.
Yang sering terjadi adalah SKM cawe-cawe urusan JPT Madya Struktural Kementerian, dengan alasan penugasan dari Menteri. Mati kutulah itu JPT Madya (Dirjen,Sekjen, Ka.Badan). Sedangkan SAM karena jabatan karier, biasanya lebih professional dan akan memberikan rekomendasinya (Policy Brief) sesuai lingkup tugas sebagai SAM. Dan biasanya kolaborasinya dengan JPT Madya Struktural berjalan baik.
Ada beberapa kementerian yang tidak optimal memberi peran kepada SAM, tetapi lebih menonjolkan peran SKM. Kita sering membaca di media maupun melihat di media elektronik SKM sering tampil sebagai juru bicara Menteri, padahal ada Sekjen atau Kepala Biro Humas. Maka itu sering kita perhatikan SKM itu tidak menguasai persoalan, atau sering lebih banyak hanya bersilat lidah saja dengan substansi program dan kegiatan yang tidak jelas.
Bisa dibayangkan, di suatu kementerian, dapat mengangkat 5 orang SAM dan 5 orang SKM, jumlah 10 orang, bagaimana caranya  Menteri mengatur mekanisme kerja di antara mereka. Boro boro mempermudah tugas Menteri, tetapi ada yang lebih merepotkan Menteri, terutama para SKM yang membawa kepentingan politik dalam lembaga  kementerian.
