Karena tidak terjadi kerjasama yang berkesinambungan, akhirnya terjadi perang antara VOC dan Mataram. Sultan Agung melakukan persiapan-persiapan mengingat medan dan jarak yang akan ditempuh sangat jauh. Persiapan-persiapan tersebut diantaranya :
1. mempersiapkan, prajurit
2. menyusun strategi perang.
3. melakukan upaya diplomatik dengan pencarian sekutu
4. mencari solusi terhadap permasalahan yang ada
Setelah semua persiapan cukup, pada tahun 1628 Sultan Agung melakukan penyerangan yang pertama. Dalam penyerangan ini pasukan Mataram berhasil dipukul mundur oleh pasukan VOC. Kegagalan serangan yang pertama ini disebabkan kalahnya kualitas prajurit dan persenjataan yang dimiliki oleh Mataram.Â
Penyerangan yang kedua dilakukan pada tahun 1629. Namun dalam penyerangan inipun pasukan Mataram mengalami kegagalan. Faktor penyebabnya selain kalah dalam persenjataan juga disebabkan gudang logistik yang berada di legal dan Cirebon berhasil dihancurkan oleh VOC, sehingga mengakibatkan pasukan Mataram kekurangan logistik.Â
Kegagalan penyerangan Sultan Agung ke Batavia mengakibatkan pengaruh terhadap kondisi politik dan ekonomi Mataram, Dalam bidang politik, legitimasi Sultan Agung merosot dan timbulnya ketegangan politik disertai dengan adanya kekuatan-kekuatan disintegratif. Di bidang ekonomi, bangunan ekonomi agraris yang menjadi andalan Mataram menjadi hancur dan perdagangan mengalami kemunduran.
Sikap Sultan Agung yang tegas menolak tawaran dari VOC karena Sultan Agung mengetahui bahwa VOC nantinya akan menguasai sumber daya alam, membuat rakyatnya sengsara dan untuk diperbudak serta menguasai Nusantara. Seperti yang telah diramalkan oleh Sunan Kalijaga serta nasehat dari Ki Jejer.Â
Oleh karena itu, adanya sikap Sultan Agung tersebut sangat terlihat jelas bahwa Sultan Agung lebih mementingkan masa depan dan nasib bangsa di atas segalanya. Sultan Agung berhasil menjadikan Mataram sebagai kerajaan besar tidak hanya dibangun di atas pertumpahan darah dan kekerasan, namun melalui kebudayaan rakyat yang adiluhung dan mengenalkan sistem-sistem pertanian. Negeri-negeri pelabuhan dan perdagangan seperti Surabaya dan Tuban dimatikan, sehingga kehidupan rakyat hanya bergantung pada sektor pertanian.Â
Sultan Agung juga menaruh perhatian pada kebudayaan. Dia memadukan Kalender Hijriyah yang dipakai di pesisir utara dengan Kalender Saka yang masih dipakai di pedalaman. Hasilnya yaitu terciptanya Kalender Jawa Islam sebagai bentuk upaya pemersatuan rakyat Mataram. Selain itu, Sultan Agung juga dikenal sebagai penulis naskah berbau mistis, berjudul Sastra Gending.Â