TNI dilibatkan dalam upaya pemerintah untuk mendisiplinkan masyarakat terkait pandemi covid-19. Hal ini tertuang dalam Instruksi Presiden no.6 tahun 2020 tentang Peningkatan Disiplin, yang telah ditandatangani pada Senin (3/8/2020) lalu.
Presiden menginstruksikan kepada Panglima TNI Marsekal Hadi Tjahjanto, untuk mengerahkan kekuatan TNI guna mengawasi pelaksanaan protokol kesehatan; agar TNI bersama Polri dan lembaga lain turut berpatroli menerapkan protokol kesehatan; serta membina masyarakat untuk turut berpartisipasi dalam pencegahan dan pengendalian covid-19.
Hal ini menuai kritik dari beberapa kalangan masyarakat. Salah satunya dari Wakil Ketua Bidang Akademik dan Penelitian Sekolah Tinggi Hukum Indonesia Jentera, Bivitri Susanti. Menurutnya, peran militer  adalah sebagai alat negara di bidang pertahanan. Keterlibatan TNI dalam pendisiplinan protokol kesehatan dikhawatirkan menggunakan metode pendekatan keamanan--alih-alih pendekatan kesehatan.
Hal senada dikatakan oleh Feri Amsari, selaku Direktur Pusat Studi Konstitusi Universitas Andalas. Menurutnya, melibatkan militer terkait protokol kesehatan ini menunjukkan niat pemerintah untuk memberlakukan darurat sipil.
Namun, hal ini dibantah oleh Dini Purwono, anggota staff khusus presiden. Ia mengatakan, "tidak ada tugas dan fungsi TNI yang dilampaui," dikutip dari Tempo (16/8/2020).
Sebelumnya, TNI telah banyak terlibat dalam upaya penanggulangan wabah covid-19. Di antaranya mengurus Rumah Sakit Darurat di Wisma Atlet Kemayoran, Pulau Galang & Kepulauan Riau; menjadi mitra Gugus Tugas Covid-19 dalam mengawasi pasokan data dari daerah; membantu penanganan covid-19 di Jawa Timur oleh Marekal Muda Imran Baidirus sebagai utusan; mambantu pelacakan kontak kasus positif covid-19 di beberapa daerah; serta mengawasi pemulasaran jenazah covid-19 terkait penolakan prosedur pemakaman covid-19 oleh sejumlah kalangan.
