Huruf Pegon digunakan oleh umat Islam yang tinggal di pondok pesantren untuk pendidikan
agama. Pegon sendiri tampil bersama Islam di Jawa. Pada masa itu, orang Jawa tetap
menggunakan aksara Kawi dan Jawa untuk menulis teks Jawa klasik, dan orang Sunda kuno
menggunakan aksara Sunda Klasik. Ketika Islam masuk ke Jawa, penggunaan huruf Arab
sangat meningkat karena dibutuhkan dalam menafsirkan Al-Qur'an, tafsirnya dan kitab-kitab
Hadadi. Untuk berkomunikasi dengan penutur bahasa Jawa, para ulama kemudian
mengadaptasi huruf Arab yang mereka gunakan sebagai bahasa sehari-hari ke dalam bahasa
Jawa. Mereka menulisnya untuk membantu orang Jawa memahami agama, terutama ketika
penyebaran Islam melalui metode dakwah keliling masih marak. Contoh kitab pada zaman
Wali Songo antara lain Suluk Sunan Bonang yang dipercaya sebagai karya Sunan Bonang.
Di wilayah Melayu sendiri, aksara yang masih diasosiasikan dengan Pegon adalah aksara Jawi
