Kemerdekaan Indonesia tidak lepas dari dukungan santri. Dibawah kepemimpinan pendiri Organisai Islam Nadhlatul Ulama yaitu K.H Hasyim Asy'ari dengan mengeluarkan fatwa untuk berjihad kepada para santrinya. Perjuangan ini diawali pada Pertempuran 10 November di Surabaya yang menjadi momentum sejarah sangat penting bagi kemerdekaan bangsa Indonesia. Namun dibalik peristiwa tersebut adalah peran para ulama dan santri yang selama ini tidak banyak disoroti. Saat itu belum ada satu bulan Indonesia menghirup kebebasan kemerdekaan akan tetapi ancaman penjajahan sudah menghantui kembali. Pasukan sekutu yang memeboncengi NICA pada tanggal 15 September 1945 telah tiba di daerah pelabuhan Tanjung Priok. Kemudian pada tanggal 25 Oktober 1945 dibawah pimpinan Malaby sebanyak 5 Ribu tentara mendarat di kota Surabaya.
Tentara sekutu juga telah menguasai wilayah Semarang dan Bandung melalui sejumlah pertempuran dengan maksud Belanda Ingin menguasai Indonesia kembali. Melihat keadaan yang genting ini para ulama dibawah organisasi Nadhlatul Ulama melakukan sidang pada tanggal 21-22 Oktober 1945. Sidang tersebut dipimpin langsung oleh K.H. Hasyim Asy'ari mencetuskan resolusi jihad bagi umat Islam secara khusus dan bagi bangsa Indonesia secara umum. Secara khusus yaitu umat Islam dihadapkan pada pilihan mati syahid dalam memperjuangkan kemerdekaan Indonesia atau hidup sebagai bangsa yang terjajah. Bagi tumat islam hukumnya wajib dan berdosa jika meninggalkan bila berada dalam radius 90 km di wilayah khusus. Fatwa jihad ini menjadi suatu kekuatan bagi bangsa Indonesia dalam mempertahankan kemerdekaannya. Dalam waktu singkat pondok-pondok pesantren berubah menjadi laskar Hisbullah dan laskar Sabilillah.
Sistem komunikasi Ukhuwah islamiah dari pengajian menjadi efisien dan efektif untuk menyerukan resolusi jihad. KH Maimun Subair merupakan seorang saksi dalam heroik 10 November dan juga pengasuh pondok pesantren Al Anwar Kabupaten Rembang memberikan kesaksianya. Sebelum pertempuran 10 November terpecah belah KH Hasyim Asy'ari selaku pemimpin tertinggi Laskar Hisbullah. Beliau memerintahkan para santri untuk memasuki Surabaya. Pada Pertempuran yang terjadi pada tanggal 10 November 1945 menjadi suatu titik puncak bagi bangsa Indonesia dalam mempertahankan kemerdekaanya. Resolusi Jihad mendorong ke wilayah Surabaya untuk ikut bertempur untuk mempertahankan kemerdekaan Indonesia. para pemuda pun dengan mudah tersurut dengan pidatonya Bung Tomo untuk ikut menerjang pasukan sekutu.
Dalam pertempuran 10 November 1945 sejarah mencacat kurang lebih 6 ribu hinggan 16 ribu pejuang gugur dan menewaskan 2000 orang dari pihak lawan. Sebagian besar yang gugur dalam perjuangan adalah dari santri dan ulama. Namun selama 7 tahun peran ulama dan santri dalam pertempuran 10 November tak banyak diketahui oleh masyarakat luas. Hingga tahun 2005 pemerintah memberikan penghargaan atas ulama dan santri dalam mempertahankan keutuhan negara republik Indonesia. dan Presiden Joko Widodo menempatkan tanggal 22 Oktober yang bertempatkan hari fatwa resolusi jihad sebagai peringatan hari santri nasional. Ada beberapa alasan mengaapa peran ulama dan santri tidak banyak disoroti oleh masyarakat luas karena hilangnya keberadaan para tokoh ini. Walaupun tidak lansgung terjun dalam pertempuran, dimasa periode kemerdekaan K.H Hasyim Asy'ari menentang untuk tunduk terhadap penjajahan. Beliau menolak melakukan sekre terhadap Kaisar Hirohito dan Dewa Matahari.
Akibat sikap keras terhadap penjajah, K.H Hasyim Asy'ari harus menekam selama 4 bulan dipenjara. Beliau dibebaskan pada tanggal 14 Agustus 1945 setelah ada desakan dari masyarakat dan ulama kepada Jepang. Pada masa sebelum kemerdekaan K.H Hasyim Asy'ari dan para ulama merupakan tokoh panutan bagi masyarakat ditengah situasi yang masih dalam belenggu penjajah. Para ulama penjadi pemimpin dan harapan besar bagi masyarakat dalam mengatasi sulitnya kehidupan di tengah situasi penjajahan.
Pada tanggal 31 Januari 1926 K.H Hasyim Asyar' dan ulama besar lainya mendirikan Nadhlatul Ulama yang artinya kebangitan para Ulama. Organisasi Nadhlatul Ulama ( NU) ini didirikan dengan tujuan untuk menjawab persoalan tentang keagamaan dan kebangsaan. NU bersama dengan para tokoh pergerakan Nasional turut berjuang dalam mempertahankan kemerdekaan Indonesia . tokoh ulama dari kalangan NU memiliki tempat tersendiri untuk melakukan tuntutan ketika terjadi suatu keadaan termasuk dalam peristiwa 10 November 1945. Sejarah juga mencacat pahlawan Jenderal Soedirman dan Bung Karno pernah meminta nasihat kepada ulama NU sebelum di keluarkanya fatwa jihad melawan penjajah. Hal tersebut muncul pertanyaan mengapa NU disebut sebagai organisasi para ulama yang mempengaruhi aspek kehidupan dan kebangsaan. K.H Hayim merupakan salah satu tokoh ulama besar peletak dasar negara.
Melalui Kyai besar KH. Hasyim Asy'ari yang mengeluarkan resolusi fatwa jihad pada tanggal 17 September 1946. Semangat santri dalam mempertahankan kemerdekaanya semakin kuat. Fatwa ini antara lain:
1. Hukum memerangi orang kafir dalam mempertahankan kemerdekaan hukumnya adalah fardlu a'in bagi tiap-tiap orang Islam.
2. Hukum bagi orang yang meninggal dalam peperangan melawan penjajah adalah mati syahid
3. Hukum orang ingin  memecah belah persatuan bangsa adalah wajib untuk dibunuh.
Fatwa resolusi jihad ini menjadi pegangan spiritual bagi para pejuang pemuda yang bukan hanya di daerah Surabaya, akan tetapi juga daerah Madura dan Jawa. terdapat lima dasar pendidikan di pondok pesantren yang harus dikembangkan. kelima dasar tersebut yaitu Pertama, hubungan akrab Santri dengan Kyai. Kedua, santri harus taat dengan kebijakan kyai. Ketiga, santri harus hidup secara mandiri dan sederhana. Keempat, adanya semangat gotong-royong dengan penuh suasana persaudaraan antara santri dengan kyai. Dan Kelima, santri memiki sikap kedisiplinan.
