Didahului pasukan laut, menyusul pasukan udara, Kopassus mulai menginjakkan kakinya di Timor Timur pada 7 Desember 1975 (9 hari setelah 28 Nopember).
Baucau, kota kedua terbesar di Timor Timur menjadi kota pertama yang direbut oleh militer Indonesia. Mau tak mau Kopassus yang dibantu oleh APODETI dan UDT (Timor pro Indonesia) bentrok dengan Fretilin.
Ketika pasukan payung Indonesia diterjunkan untuk merebut Kota Dili, Fretilin kocar-kacir dan melarikan diri ke perbukitan di luar Kota Dili. Mereka lantas merencanakan perang gerilya dari sana.
Sydney Morning Herald saat itu memberitakan banyak wanita dan anak-anak yang ditembak mati di jalan-jalan. Fretilin menuding pasukan Indonesia yang melakukannya.
Akan tetapi Menteri Luar Negeri Indonesia saat itu, Adam Malik, mengatakan Fretilin hanya mengada-ada. Justru mereka lah yang melakukan pembunuhan itu, karena wanita dan anak-anak itu terkait dengan APODETI dan UDT yang pro Indonesia.
Banyak kematian yang diderita rakyat Timor Timur. Selain karena peperangan, juga karena kelaparan dan penyakit. Sekitar 200.000 orang rakyat Timor Timur tewas. Dan dunia mengklaim jika itu merupakan genosida terburuk yang terjadi di abad ke 20.
Pada 1976, resmi Bumi Lorosae diklaim sebagai propinsi Indonesia yang ke 27. Di sudut lain, sebagai bagian NKRI, sebenarnya Presiden ke 2 RI Soeharto saat itu sangat memanjakan "Si Anak Hilang".
Banyak infrastruktur dibangun, dari jalan-jalan, bandar udara, sekolah-sekolah dan sebagainya.
Bahkan APBN juga ditambahkan untuk meningkatkan kesejahteraan rakyat di sana.
Beberapa saat setelah Soeharto menghembuskan nafas terakhirnya, Uskup Dili Ximenes Belo mengatakan dari Portugis, sebenarnya rakyat Timor Timur tidak akan bisa melupakan jasa-jasa yang telah diberikan Soeharto kepada Timor Timur.
Ximenes Belo lantas mendapatkan Nobel Perdamaian, karena dia tidak melakukan perlawanan ketika Timor Timur diduduki Indonesia, tetapi dengan cara-cara damai.
