Indonesia merupakan negara dengan kekayaan sumber daya alamnya yang melimpah, dengan letak astronomis yang strategis dan beriklim tropis, terdapat berbagai macam ekosistem alami terutama pada kawasan pesisirnya. Namun sangat disayangkan jumlah penduduk yang kian lama kian membludak serta aktivitas pembangunan yang selalu berkembang dalam rangka memenuhi kebutuhan tidak dibarengi dengan upaya pelestarian lingkungan.
Kota Ambon merupakan ibukota provinsi Maluku. Terdapat Kawasan Teluk Kota Ambon di Kota Ambon yang didalamnya banyak ekosistem alami, salah satunya adalah Padang Lamun. Â Padang lamun merupakan ekosistem yang berperan sebagi penunjang produktivitas perairan, sebagai substrat bagi biota lain, peredam ombak dan gelombang ke arah pantai. Secara ekologis padang lamun mempunyai beberapa fungsi penting, yaitu (Bengen 2003) :
(a) Sebagai produsen detritus dan zat hara
(b) Mengikat sedimen dan menstabilkan substrat yang lunak, dengan sistem perakaran yang padat dan saling menyilang;
(c) Sebagai tempat berlindung, mencari makan, tumbuh besar, dan memijah bagi beberapa jenis biota laut, terutama yang melewati masa dewasanya di lingkungan ini.; dan
(d) Sebagai tudung pelindung yang melindungi penghuni padang lamun dari sengatan matahari.
Menurut Dahuri kedalaman tidak lebih dari 10 meter untuk memudahkan cahaya matahari masuk. Jika dilakukan komparasi antara standar yang telah ditentukan dan kondisi eksisting faktor lingkungan padang lamun pada Teluk Ambon Dalam dapat disimpulkan bahwa:
a.Jika ditinjau dari faktor kekeruhan, vegetasi lamun di Teluk Ambon Dalam (TAD) berkisar 0,96 - 4,66 NTU, sedangkan standar baku mutu kekeruhan 5 -- 30 NTU, jadi kekeruhan di TAD berada di bawah standar
b. Pada faktor suhu, suhu rata rata pesisir lingkungan Teluk Ambon Dalam adalah 30-37 oC, sedangkan standar bakunya adalah 28 -- 30Â oC, jadi suhu lingkungan di TAD berada di atas nilai standar yang telah ada. Lingkungan TAD memiliki sihu terlalu tinggi (panas).