Modern bukan dilihat dari fasilitas, tetapi Modern dari segi wakaf,sistem pendidikan, terpogram, evaluatif. Karena Modernitas adalah identitasGontor. Modernisasi bukan westernisasi, juga bukan berarti menerima segalakemajuan yang dipandang baik di luar pesantren, namun tidak semua yangdipandang baik diluar akan cocok bila diterapkan di lingkungan pesantrendisamping pesantren telah mempunyai jati diri, sibghah, visi, misi danorienterasinya sendiri. Modernitas bagi Gontor lebih dekat pada makna harakatulishlah wattajdid (gerakan perbaikan dan pembaharuan).
       Aspek utama yangdimodernisir Gontor adalah kelembagaan. Dalam pelaksanaan tugassehari-hari pesantren diserahkan kepada Pimpinan Pondok yang berfungsi sebagaimandataris badan wakaf. Pimpinan Pondok dibantu oleh 5 lembaga tinggimasing-masing adalah: KMI (Kulliyatu-l-Mu'allimin/at al-islamiyah) yangdipimpin seorang direktur untuk jenjang pendidikan formal menengah, UNIDA(Universitas Islam Darussalam Gontor) yang dipimpin seorang rektor untukjenjang pendidikan tinggi, IKPM (Ikatan Keluarga Pondok Modern)untuk membinapara alumni, YPPWPM (Yayasan Pemeliharaan dan Perluasan Wakaf Pondok Modern)serta Pengasuhan untuk pembinaan dan pendidikan kehidupan secara menyeluruhyang langsung ditangani oleh Pimpinan Pondok.Â
       Modernisasi dalamaspek manajemen di Gontor berupa program penguatan dan pengembangan lembagapesantren yang dinamakan Panca Jangka, terdiri dari: Pendidikan dan Pengajaran,Prasana dan Pergedungan, Khizanutullah, kaderisasi dan kesejahteraan keluarga.
       Seiringberjalannya waktu dan bergulirnya proses, modernitas telah mengalami proses internalisasi,sehinggatidak lagi difahami terbatas dalam sistem dan materi, tetapi sudah menjelmamenjadi sebuah spirit bagi warga Gontor; modernitas yaitu efektivitas danefisiensi, pandangan jauh ke depan, terpogram, sistematis, produktivitas,terbuka, menerima sains dan teknologi untuk kesejahteraan, menghargai waktu danevaluatif, dan itulah Islam
