Pondok Pesantren Al-Zaytun yang terletak di Indramayu Jawa Barat akhir-akhir ini sedang naik daun. Bukan karena prestasi ataupun penghargaan  melainkan mengundang banyaknya kontroversi di media sosial. Ada yang membela meski salah, ada pula yang mengungkit kebenaran dari pondok tersebut.
Kontroversi yang ditimbulkan oleh pesantren ini cukup banyak membuat para netizen dan masyarakat geram, pasalnya salah satu masalah yang disebabkan pondok ini dimana ada seorang wanita yang saat pelaksanaan sholat ied ikut di barisan para pria dan posisi sholat ied seperti sedang baris-berbaris. Bahkan ada yang hanya terlihat duduk saja di kursi, Â tetapi tidak ikut melakukan sholat tersebut.
Tidak hanya masyarakat dan netizen yang berkecimpung dalam pro dan kontra pondok pesantren ini para ustadz dan alumni pondok pun ikut menyertai dalam kontroversi yang lagi memanas saat ini. Salah satunya Ustad Abdul Somad yang mana beliau membahas tuntas kesesatan yang ada di pondok pesantren yang lagi viral di media sosial dan dijajaran masyarakat.
Tidak heran jika banyak masyarakat dari kalangan orangtua hingga para remaja di media sosial geram akan hal yang dilakukan oleh pondok pesantren al-zaytun ini. selain masalah sholat ied yang lagi memanas di media sosial adapula masalah lainnya yang baru baru ini populer, dimana para santri di ponpes Al-Zaytun ini diperbolehkan berzina akan tetapi diharuskan membayar 2 juta rupiah.
Bagaimana bisa Pondok Pesantren yang notabennya pusat pendidikan islam diperbolehkan untuk berzina dengan syarat membayar uang 2 juta rupiah. Sejatinya Pondok pesantren mengajarkan moral dan akhlak serta budi pekerti yang baik dan tidak melanggar aturan serta mengubah syariat yang telah ada di dalam alquran dan hadist.
Adapula isu yang menyatakan bahwasannya Pondok Pesantren Al-Zaytun ini menganut mazhab soekarno,padahal mazhab yang diketahui para umat muslim hanya ada 4 yaitu mazhab syafi'i,mazhab hambali,mazhab hanafi,dan mazhab hambali. dimana masing-masing negara ataupun umat muslim mengikuti salah satu dari ke empat mazhab tersebut.
Sungguh banyak sekali isu yang ada di pesantren ini,akan tetapi yang mengherankan yaitu jumlah santri yang ada di Pondok Pesantren ini tidaklah sedikit tetapi ribuan santri yang mendaftar dan menjadi bagian dalam Pondok Pesantren Al-Zaytun yang berada di Indramayu,Jawa Barat.
