Pembelajaran Mendalam dapat dilaksanakan menggunakan berbagai praktik pedagogik dengan menerapkan tiga prinsip yaitu berkesadaran, bermakna, menggembirakan. Praktik Pedagogik adalah cara  yang digunakan oleh pendidik dalam mengajar dan mendidik murid. Praktik pedagogik yang efektif dapat membantu meningkatkan kualitas pembelajaran. Beberapa praktik pedagogik yang bisa digunakan dalam kegiatan pembelajaran seperti: pembelajaran berbasis inkuiri, pembelajaran berbasis proyek, pembelajaran berbasis masalah, pembelajaran kolaboratif, pembelajaran STEM (Science, Technology, Engineering, Mathematic), pembelajaran berdiferensiasi.
Berikut contoh praktik pedagogik dalam kegiatan pembelajaran mendalam yang berkesadaran, bermakna, dan menggembirakan,
1. Praktik Pedagogik dengan Model Pembelajaran PBL pada Mata Pelajaran Kimia
  Alur kegiatan:
  Pertama, guru menyampaikan masalah sebagai berikut:
  Sebuah perusahaan kimia ingin memproduksi asam sulfat (H2SO4) dengan menggunakan reaksi antara sulfur dioksida (SO2) dan oksigen (O2). Namun, perusahaan tersebut mengalami kesulitan dalam menentukan jumlah reaktan yang tepat untuk menghasilkan produk yang diinginkan. Bagaimana cara menentukan jumlah reaktan yang tepat untuk menghasilkan asam sulfat dengan jumlah yang diinginkan?
- Guru mempresentasikan masalah  kepada murid dan meminta mereka untuk memahami
- masalah tersebut.
- Murid diminta untuk mengidentifikasi pengetahuan yang mereka miliki tentang reaksi kimia dan stoikiometri yang relevan dengan masalah tersebut.
- Murid diminta mengumpulkan informasi tentang reaksi kimia dan stoikiometri yang relevan dengan masalah tersebut.
- Murid menganalisis data yang mereka kumpulkan dan menentukan jumlah reaktan yang tepat untuk menghasilkan asam sulfat dengan jumlah yang diinginkan.
- Murid menyelesaikan masalah tersebut dengan menggunakan pengetahuan dan keterampilan yang mereka miliki tentang reaksi kimia dan stoikiometri.
- Murid mempresentasikan hasil penyelesaian masalah mereka kepada kelas.
2. Praktik Pedagogik dengan Model Pembelajaran STEM pada Mata Pelajaran Matematika
  Penggunaan model pembelajaran STEM (Science, Technology, Engineering, dan Mathematics)
  pada mata pelajaran Matematika dengan materi translasi didahului dengan penentuan proyek
  yakni " Mendesain pembuatan robot yang dapat bergerak secara translasi untuk mengantar
