Setiap harinya Danau Tiga Warna mendapat kunjungan dari wisatawan hingga mencapai 600 Pengunjung, namun mengalami penurunan drastis akibat wabah covid-19 dan akhirnya ditutup. Danau tiga warna ini ditutup sejak 22 Maret 2020, Balai Taman Nasional Kelimutu kembali membuka akses kunjungan wisata ke Danau Tiga Warna Kelimutu pada Jumat, 10 Juli 2020. Pembukaan kawasan wisata alam Kelimutu ini mengacu pada surat rekomendasi Bupati Ende Nomor BU.556/DISPAR.03/496/VI/2020.
Kepala Taman Nasional Kelimutu Persada A. Sitepu dalam Sambutanya mengatakan Dibukanya kembali akses wisata danau tiga warna ini akibat pandemi covid-19, Namun dibukanya kembali tempat wisata danau tiga warna  ini bukan serta merta tanpa alasan, melainkan untuk menghidupkan para Parawisatawan dan memberi dampak positif bagi perekonomian  masyarakat khususnya di sekitar danau tiga warna  dan warga Kabupaten Ende.
"Hari ini Resmi kita buka, tentunya semua pengunjung akan diarahkan sesuai protokol  kesehatan penanganan pencegaham dan penyebaran covid-19," Kata Agus.
Adapun surat Resmi yang kemudian juga diedarkan mengenai pembukaan kembali Danau tiga warna ini  setelah ditutup selama hampir satu bulan akibat lonjakan covid-19 yang terjadi di Nusa Tenggara Timur.
Agus menambahkan bahwa tidak ingin memberikan resiko angka pelonjakan Covid-19 akibat dibukanya kembali Danau tiga warna ini, maka beliau juga menambahkan bahwa untuk mengantisipasi penyebaran covid-19 Â saat ini maka para wisatawan akan dibatasi 200 orang setiap harinya, untuk menghindari membludaknya pengunjung, dan calon wisatawan dapat melakukan pembelian tiket melalui booking WA admin pembokingan online TN tiga warna selama jam kerja 7.30 Wita s/d 17.00 Wita.
Bupati Ende, H. Djafar H. Achmad dalam sambutan kegiatan seremonial pembukaan kunjungan wisatawan Taman Nasional Danau tiga warna di area Kelimutu Market mengatakan dengan kembali dibukanya Taman Nasional tiga warna mampu menumbuhkan kembali iklim ekonomi dunia pariwisata di Kabupaten Ende yang beberapa bulan terakhir ditutup karena adanya wabah covid-19.
"Hai dunia datanglah ke Danau tiga warna, karena hari ini Taman Nasional Danau tiga warn resmi dibuka. Semoga para Wisatawan  kembali bangkit," ucap Djafar.
Bagi pengunjung atau wisatawan yang datang ke Taman Nasional Danau tiga warna diharapkan mematuhi protokol kesehatan ketika masuk ke kawasan wisata alam itu, seperti mencuci tangan, menggunakan masker dan juga wajib diperiksa terlebih dahulu suhu tubuhnya oleh petugas Balai Taman Nasional Danau tiga warna.
