Pendidikan Islam juga soal sosial, sehingga dalam kelembagaannya ia tidak bisa dilepaskan dari lembaga -lembaga sosial yang ada. Lembaga disebut juga dengan institusi atau pranata, sedangkan lembaga sosial adalah suatu bentuk organisasi yang tersusun relatif tetap atas pola tingkah laku, peranan-peranan dan relasi-relasi dan terarah dalam mengikat individu yang mempunyai otoritas formal dan sangsi hukum, guna tercapainya kebutuhan-kebutuhan sosial dasar.Â
Dalam proses pembudayaan umat, keberadaan kelembagaan pendidikan dalam masyarakat merupakan syarat mutlak dengan tugas dan tanggung jawab kultural-edukatif terhadap anak didik (masyarakat). Penganekaragaman lembaga pendidikan Islam dengan tujuan yang jelas dan terarah pada deferensiasi profesi merupakan cara yang baik, efektif dan efisien. Akan tetapi penganekaragaman semu dan nuansa tujuan atau suatu proses diversifikasi melalui bentuk lahirnya saja akan berdampak pada duplikasi, penghamburan dan ketidakefektifan.Â
Ada dua model lembaga pendidikan Islam di Indonesia : pesantren sebagai lembaga pendidikan nonformal dan madrasah sebagai lembaga pendidikan formal. Madrasah adalah salah satu sekolah agama Islam yang dijadikan sebagai tempat proses belajar mengajar secara formal, memiliki kelas-kelas, meja/bangku, kursi dan papan tulis dengan kurikulum yang diselenggarakan dalam bentuk klasikal. Sedangkan Pesantren sebagai pusat penciptaan kader ulama yang menjadi penyebar Iislam di nusantara tentu merupakan bukti austik autentik tentang peran pesantren di dalam menyumbang Islamisasi Nusantara.
