Kompeni mengirim utusan bernama laksamana Verhoeven ke Banda untuk menjalin hubungan perdagangan. VOC menginginkan rempah-rempah yang ada di pulau Maluku ini, namun ternyata Banda telah mengadakan hubungan terlebih dahulu dengan Inggris. Keberadaan kedua bangsa asing kemudian menimbulkan ketegangan, untuk menengahi hal tersebut para tokoh Banda yang disebut dengan orang kaya mengundang delegasi VOC tersebut untuk berunding.
Rupanya, rombongan delegasi laksamana Verhoeven dijebak dan disergap oleh masyarakat setempat, sebanyak 27 orang tewas termasuk laksamana Verhoeven. Jan Pieterszoon Coen saat itu berumur 22 tahun menyaksikan peristiwa itu dan berhasil menjadi salah satu orang yang selamat dari penyerangan tersebut.
Jan Pieterszoon Coen kemudian menjadi Gubernur Jenderal di Batavia pada tahun 1617. Pada tahun 1621, J.P Coen membawa armada perang ke Banda untuk melancarkan misi balas dendam. Alhasil, pada tanggal 11 Maret 1621 seluruh wilayah Kepulauan Banda jatuh ke tangannya. Tidak butuh waktu lama, Coen melakukan pembasmian penduduk Banda, 15.000 jiwa mati terbunuh, beruntungnya ada 1000 orang  yangdapat melarikan diri ke pulau Maluku yang ada di sekitarnya.
Yang harus diperhatikan pada peristiwa yang disebut de grote Bandamoord ini ialah hukuman mati atas 44 orang kaya alias para tokoh terkemuka di Banda. Kepala mereka dipancung dan orang yang mengeksekusi mereka adalah tentara bayaran dari Jepang.Â
Coen memang menyewa 100 orang serdadu Jepang yang direkrut oleh VOC dari Jepang yang saat itu berada di bawah kekuasaan Shogun Tokugama. Kepala 44 orang kaya atau tokoh terkemuka tersebut harus dipastikan terpisah dari badannya, bagian tubuhnya dicincang, setelah itu barulah mayat mereka dimasukkan kedalam sebuah sumur. Kini sumur tersebut berada di depan benteng Nassau yang sudah ditutup dan diberi pagar berduri. Masyarakat sekitar menamainya "perigi berantai".
Seperti yang diungkap oleh Rosihan Anwar dalam bukunya Perkisahan Nusa, jauh sebelum G30S/PKI dengan lubang buayanya, di Banda sudah terjadi peristiwa "lubang buaya" dengan Jan Pieterszoon Coen sebagai aktor utamanya.
