Ini beberapa kendala yang dialami PNS dalam melakukan pembaharuan data melalui e-PUPNS
ARSIP KEPEGAWAIAN YANG TIDAK LENGKAP BAIK DI UNIT KERJA MAUPUN PADA PNS BERSANGKUTAN
SAAT MENDAPATKAN KODE PENDAFTARAN (REGISTER), SISTEM BERJALAN  SANGAT LAMBAT DAN SELALU MUAT ULANG KEMBALI KE AWAL, untuk daerah dengan sistem jejaring internet yang baik, proses ini akan membutuhkan waktu sekitar setengah hingga satu jam per orang.
PENGISIAN PEMBAHARUAN DATA PNS (bila kode register telah di dapat dan di verifikasi oleh Verifikator tertunjuk) BERMASALAH BAIK SAAT PENGISIAN YANG SELALU MEMUAT ULANG DATA DAN KEMBALI KE AWAL, BERAKIBAT HARUS BOLAK BALIK MENGISI UNTUK DATA YANG SAMA.
DATA ALAMAT, DAERAH, NAMA PENDIDIKAN DAN TEMPATNYA, SERTA BEBRAPA DATA YANG LAIN TAK TERSEDIA DI APLIKASI, meski sebenarnya sudah disiasati dengan mengirimkan pengaduan sehingga data tersebut akan di tambahkan tetapi PROSES PENGADUAN TIDAK DAPAT BERJALAN LANCAR DAN PNS TERKADANG TIDAK MENDAPATKAN LEMBAR PENGADUAN SEBAGAI BUKTI TELAH MENGADUKAN MASALAH YANG ADA.
BILA TELAH SELAMAT MELAKUKAN PEMBAHARUAN DAN PELENGKAPAN DATA, MAKA LEVEL AKHIR JUGA TERKADANG TAK KALAH BIKIN PUSING, YAITU PROSES PENGIRIMAN DATA KE VERIFIKATOR TERTUNJUK YANG HARUS BERKALI KALI MUAT ULANG..
Proses pengisian data untuk setiap PNS memerlukan waktu setengah hari hingga seharian bila akses internet berjalan cepat dan lancar. dan peralatannya memadai, tetapi kita semua tahu bagaimana kecepatan akses internet di Indonesia, MAHAL TAPI LAMBAT. Belum lagi tidak semua PNSÂ memiliki komputer atau smartphone.
Bisa dibayangkan bagaimana GALAUNYA PNS dalam kurun waktu hanya 3-4 bulan (akhir bulan Desember 2015 adalah akhir dari proses verifikasi) harus melakukan UNGGAH DAFTAR ULANGNYA sedangkan sistem jejaringnya lambat atau istilah Jawanya "ALON ALON GAK KELAKON"
Ditambah lagi rumor yang beredar dan selalu di dengung dengungkan beberapa Pejabat bahwa PNS yang tidak melakukan unggah data maka TIDAK DIAKUI PNSÂ yang berarti DIPECAT atau bahasa halusnya DIBERHENTIKAN/DIPENSIUN. Menambah PANIK DAN GALAU PNS.
Sehingga MASYARAKAT HARAP MAKLUM bila PELAYANAN YANG DIBERIKAN PNS TIDAK MAKSIMAL, karena para PNS SEDANG SIBUK MEMPERJUANGKAN NASIBNYA AGAR TAK TERELIMINASI.
Namun, Kepala Biro Hukum, Komunikasi, dan Informasi Publik Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi (PAN-RB) (seperti dilansir dalam http://smeaker.com/nasional/5000/berita-hari-ini-keluhan-server-e-pupns-lemot-terus-berlanjut-pns-kebakaran-jenggot) membantah rumor yang beredar tersebut. Dia berharap para PNS tak menanggapi kabar miring soal program e-PUPNS.
