Universitas Atma Jaya Yogyakarta memiliki rencana untuk membuka program studi multidisiplin untuk jenjang pendidikan pascasarjana. Istilah program studi multidisiplin mungkin masih belum familiar di kalangan masyarakat umum. Program studi multidisiplin mempelajari ilmu yang di dalamnya terdapat beberapa bidang keahlian dari beberapa cabang ilmu monodisiplin.
Universitas Atma Jaya Yogyakarta sedang bersiap untuk membuat lima program studi multidisiplin yang terdiri dari program studi kebencanaan, program studi infrastruktur, program studi kecerdasan buatan (artificial intelligence), program studi pariwisata, dan program studi ketahanan pangan. Kelima program studi tersebut akan diisi oleh berbagai tenaga pengajar berkualitas yang tergabung dari berbagai cabang ilmu yang berbeda. Penggabungan berbagai tenaga pengajar dari beberapa cabang ilmu juga diharapkan dapat membuat para mahasiswa dapat memperoleh ilmu yang semakin luas.
Pihak universitas sudah membentuk tim untuk melakukan studi kelayakan mengenai kelima program studi terbaru tersebut. Tim tersebut sudah dibentuk sejak bulan September 2020 dan sudah mulai melakukan forum group discussion untuk membahas mengenai program studi kecerdasan buatan pada tanggal 22 Oktober 2020. Hasil kerja yang dilakukan oleh tim pengamat kemudian akan diberikan kepada pihak yayasan. Setelah mendapat persetujuan dari pihak yayasan, maka pihak universitas akan mengajukan rencana pembentukan program studi baru untuk pascasarjana tersebut untuk dikaji lebih lanjut oleh pihak Kementerian Pendidikan Tinggi (Kemendikti).
Apabila rencana ini disetujui, pihak universitas berharap agar kelima program studi baru tersebut dapat menghasilkan semakin banyak anak bangsa dengan kapabilitas yang mumpuni di setiap bidangnya. Pihak universitas juga ingin terus menyebarkan nilai-nilai unggul, inklusif, dan humanis kepada para mahasiswanya sebagai ciri khas dari sistem pendidikan Universitas Atma Jaya Yogyakarta.
