Pelaksanaan hukuman pidana merupakan suatu rangkaian dalam sistem peradilan pidana yang secara teori mempunyai 3 (tiga) tujuan pemidanaan, yaitu:
- Teori Absolut atau Teori Pembalasan (retributive/vergeldings theorieen). Yaitu pidana melekat pada setiap terjadinya kejahatan, artinya setiap perbuatan kejahatan harus dibalas dengan suatu hukuman/pidana agar masyarakat mendapatkan keadilan.
- Teori Relatif atau Teori Tujuan (utilitarian/ doeltheorieen). Yaitu pemidanaan dimaksudkan untuk memperbaiki sikap atau tingkah laku terpidana dan di pihak lain pemidanaan tersebut  juga dimaksudkan untuk mencegah orang lain dari kemungkinannya melakukan perbuatan yang serupa.
- Teori Gabungan (vereniging theorieen). Â Yaitu penjatuhan hukuman sebagai bentuk untuk mempertahankan tata tertib hukum yang telah berlangsung di dalam masyarakat dan agar memperbaiki pribadi si pelaku kejahatan.
Dalam sistem pemasyarakatan, untuk mencapai tujuan pemidanaannya adalah dengan menjaga tata tertib hukum dalam masyarakat yang dilakukan dengan cara mencabut kemerdekaan seorang narapidana selama kurun waktu tertentu. Kehilangan kemerdekaan tersebut merupakan satu-satunya penderitaan yang harus ditanggung oleh narapidana sebagai suatu bentuk hukuman, namun Warga Binaan Pemasyarakatan tersebut tetap memperoleh hak-haknya yang lain seperti layaknya manusia, dengan kata lain hak perdatanya tetap dilindungi seperti hak memperoleh perawatan kesehatan, makan, minum, pakaian, tempat tidur, latihan keterampilan, olah raga, dan atau rekreasi.
Adapun upaya untuk memperbaiki kepribadian narapidana, maka pelaksanaan pemidanaan hukuman di Lembaga Pemasyarakatan tidak lagi menekankan unsur balas dendam dan penjeraan terhadap narapidana, namun untuk mengimplementasikan konsep rehabilitasi dan reintegrasi sosial, sebagai suatu bentuk upaya agar narapidana tersebut menyesali perbuatannya dan dapat kembali ke masyarakat. Inilah konsep pemasyarakatan yang sejalan dengan filosofi reintegrasi sosial yang berasumsi kejahatan adalah konflik yang terjadi antara terpidana dengan masyarakat. Sehingga pemidanaan ditujukan untuk memulihkan konflik atau menyatukan kembali terpidana dengan masyarakatnya, bukan untuk balas dendam dan penjeraan.
Oleh sebab itu Lembaga Pemasyarakatan sejatinya tidak hanya difungsikan sebagai suatu tempat menjalani hukuman semata, tetapi lebih dari itu Lembaga Pemasyarakatan adalah sebagai sebuah tempat berlangsungnya proses pembinaan dan pembimbingan, bagi setiap Warga Binaan Pemasyarakatan agar nantinya dapat kembali dan diterima oleh masyarakat seutuhnya.
