Namun ternyata belakangan hari terjadi masalah. Entah masalah apa. Akhirnya PT TPPI mengembalikan uang sebesar USD 2.588.285.650 (2,58 miliar dollar lebih) ke Kemenkeu sehingga masih ada selisih yang belum dikembalikan, senilai USD 128.574.004 (128,5 juta dollar lebih). Dan ini adalah utang TPPI kepada negara (BP Migas).
Lalu pada 16 Juni 2015, JK pernah menyatakan bahwa kasus PT TPPI adalah sengketa perdata, bukan pidana. Urusannya adalah soal utang-piutang TPPI dengan BP Migas. Namun toh Mabes Polri telah menetapkan Raden Priyono dan Dirut PT TPPI Honggo Wendratno sebagai tersangka. Termasuk Deputi Finansial Ekonomi dan Pemasaran BP Migas, Djoko Harsono.
Sampai ke September 2019, nama Honggo Wendratno disebut pula  dalam kasus korupsi Rp 188 miliar dimana terdakwanya adalah mantan Dirut PT PLN Nur Pamudji. Dakwaan terhadap Nur Pamudji itu disebutkan terkait dengan soal pengadaan BBM jenis High Speed Diesel (HSD).
Lalu sejak Januari 2020 Honggo Wendratno beserta terdakwa lainnya mulai disidangkan di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat. Sayangnya  Honggo sudah kabur, sehingga peradilannya in-absentia.
Pada tanggal 8 Juni 2020 Honggo Wendratno pun dituntut 18 tahun penjara, namun pengadilan akhirnya memvonis dengan 16 tahun penjara pada tanggal 22 Juni 2020. Plus denda Rp 1 Milyar subsider 6 bulan kurungan. Ditambah lagi dengan perampasan asset berupa kilang minyak milik perusahaan pribadinya Honggo dan ganti rugi Rp 97 Milyar. Kalau harta bendanya tidak cukup untuk menutupi itu, maka hukuman penjara ditambah 6 tahun lagi.
Prahara TPPI yang melibatkan nama-nama besar seperti JK, Menteri ESDM, Dirjen Anggaran, Dirjen Kekayaan Negara mewakili Menteri Keuangan RI, Dirut Pertamina dan Kepala BPH Migas (bukan BP MIGAS) sampai akhirnya hanya Raden Priyono dan Djoko Harsono yang dihukum bahkan diperberat jadi 12 tahun kiranya belumlah usai.
Kenapa belum usai? Ya lantaran Honggo Wendratno sampai saat ini masih buron. Disamping kasus Raden Priyono ini sendiri terasa agak aneh. Lantaran JK sendiri pernah menyatakan bahwa ini soal perdata, soal utang-piutang negara (BP Migas dengan TPPI), namun bergeser ke pidana. Apakah ada "tekanan" tertentu, ya walahuallam lagi.
Dan mantan Dirut TPPI Honggo Wendratno yang justru punya utang itu malah kabur, sehingga tagihan senilai USD 128,5 juta tadi jadi kabur pula. Tentu bersama dengan itu adalah kaburnya cerita kesaksian tentang siapa saja yang terlibat selama ini.
Pernah dikabarkan bahwa Honggo berada di Singapura. Bahkan Budi Waseso yang saat itu menjabat Kabareskrim Polri pernah hendak menjemputnya di Singapura. Sudah bertemu, tapi tidak jadi dibawa lantaran lagi sakit katanya. Alasannya demi hukum dan demi perikemanusiaan maka ia tidak jadi dibawa.
Nah sekarang setelah sekian tahun berlalu, apakah Honggo masih sakit? Apakah Honggo juga masih ingat semua detil peristiwa skandal TPPI itu? Apakah ada yang takut dengan semua ingatan Honggo soal detil perkara itu?
Nampaknya masih ada 'the missing-link' dalam perkara TPPI ini.
