Lagi-lagi pelanggaran HAM terjadi kembali tetapi belum ada suatu hal kejelasan, seperti kasus Tragedi Semanggi 2 pada 24 September 1999.
Insiden terjadi dimana maraknya aksi mahasiswa dan mahasiswi untuk menentang RUU Penanggulangan Keadaan Bahaya (PKB) dan tuntutan mencabut dwi fungsi Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (ABRI). Peristiwa seperti ini juga terjadi hampir di seluruh Indonesia. Aksi seperti ini mendapat represi oleh ABRI, Tim Relawan Kemanusiaan mencatat 11 orang tewas dan 217 orang luka-luka, nama-nama korban diantaranya ada : Yap Yun Hap, Zainal Abidin, Teja Sukmana, M. Nuh Ichsan, Salim Jumadoi, Fadly, Deny Julian, Yusuf Rizal, Saidatul Fitria, dan Meyer Ardiansyah.
Berbagai tantangan terus dihadapi oleh para keluarga korban untuk menempuh keadilan. Tetapi dari pihak panitia khusus Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) menyatakan kasus Tragedi Semanggi bukanlah pelanggaran HAM berat pada sidang DPR RI tahun 2001. Dengan ungkapan dari pihak DPR yang seperti itu membuat kasus HAM-HAM yang sebelumnya terjadi bahkan yang akan datang akan disepelekan juga dan itu membuat cacat peraturan hukum HAM di Indonesia semakin menjadi.