Melacak asal usul manusia tak cukup hanya dengan menggunakan tinggalan arkeologis semata. Akan tetapi, perlu menggunakan pendekatan lain untuk mendapatkan bukti yang lebih kuat.
Peter Belwood misalnya, dalam penelitiannya untuk melacak asal usul manusia di Kepulauan Indo-Malaysia (Asia Tenggara Kepulauan), menggunakan pendekatan linguistik dan genetik untuk mengetahui asal usul leluhur dari penduduk yang mendiami Kepulauan ini.
Hasilnya tak jauh dari hasil yang diungkapkan oleh Herawati Sudoyo, pakar genetik di Indonesia, bahwa tak ada yang memiliki gen murni. Semuanya Merupakan hasil pembauran dari berbagai genetika bangsa yang ada di dunia. Dengan demikian, istilah pribumi dan nonpribumi tak relevan lagi digunakan.
"Karena dari 16 sampel yang kita pamerkan di Museum Nasional ini, bahkan tidak ada yang pribumi asli. Maksudnya yang 100 persen real orang Indonesia. Kebanyakan dari mereka, besar presentasenya adalah keturunan atau nenek moyangnya, Afrika," Ujar Hera dalam sebuah acara nasional, sebagaimana yang dilansir oleh kompas (lihat di sini)
Pendapat ini dibantah oleh Sunliensyar, menurutnya uji DNA memang dapat digunakan untuk melacak asal usul leluhur. Akan tetapi, sama sekali tidak berelasi dengan istilah pribumi dan nonpribumi.
"Dalam konteks sekarang, semua etnis di Indonesia adalah pribumi, semuanya adalah orang Indonesia asli terkecuali orang asing yang sedang berwisata, bekerja, sekolah, atau hanya mengungsi ke wilayah Indonesia untuk sementara", tulis Sunliensyar dalam artikelnya.
Baca di sini: Benarkah Tidak Ada Pribumi Asli Indonesia Berdasarkan Uji DNA?
Etnis-etnis di Indonesia memiliki tiga DNA yang dominan, yaitu DNA penutur Austronesia, DNA Austro-Asiatic dan DNA Austro-Melanesia di samping juga ditemukan persentase kecil DNA Indo-Eropa.
Di Indonesia Bagian Barat, persentase DNA Austronesia dan Austro-Asiatic hampir sebanding. Sementara, persentase DNA Austro-Melanesia sangat kecil ditemukan.
Namun, semakin ke timur persentase DNA Austronesia dan Austro-asiatic semakin menurun dan persentase DNA Austro-Melanesia justru semakin meningkat.
Proporsi genom penutur Austronesia di Indonesia. Sumber: Mark Lipson et.al. (2014)