Menarik dikaji sebab-sebab kemunculan radikalisme yang memiliki cerita yang sangat panjang jika ingin digambarkan secara rinci. Hebatnya Islam meskipun melewati banyak waktu, ajaran Islam yang diwariskan nabi Muhammad SAW masih tetap terjaga.
Sebab ajaran agama ini dianggap paling sempurna dan terbilang paling logis jika diadukan dengan agama lain. Saya rasa Agama Islam ini akan terus membesar meskipun nantinya akan terbagi menjadi 73 golongan dalam Islam.
Semenjak pasca kemerdekaan umat Islam terbagi secara jelas ketika Masyumi didirikan dan Nahdlatul Ulama (NU) menjadi partai dan ikut pemilihan umum. Kemudian di era Soeharto seluruh umat Islam dijadikan dalam satu partai yaitu Partai Persatuan Pembangunan (PPP).
Terjadi banyak dinamika dalam perkembangan Islam Indonesia yang selalu dibentur-benturkan yang membuat NU tidak lagi menjadi partai. Jauh sebelum itu, ajaran Syiah tahun 1945 banyak mendirikan yayasan bantuan sosial namun ajaran ini sempat ditahan.
Kemudian gencarnya pada tahun 1990-an yayasan-yayasan Syiah atau pondok pesantren modern berdiri di daerah-daerah Indonesia.
Rezim Soeharto untuk menandingi ormas Islam terutama NU adalah dengan dibentuknya Ikatan Cendikiawan Muslimin Indonesia (ICMI) kemudian Majelis Ulama Indonesia (MUI).
Pasca reformasi 1999 arus kebebasan semakin tidak terbendung yang selama 32 tahun dikungkung rezim otoriter Soeharto. Ajaran Islam Transnasional mulai masuk ke Indonesia yang menargetkan anak-anak muda yang awam agama dan memberikan dana besar di saat krisis ekonomi menjangkit RI.
Ajaran Tarbiyah melalui liqo'-liqoi' mulai digencarkan pada tahun 1997 dan mulai membesar ketika PKS dari alumni tarbiyah kampus umum berdiri gagah. Gerakan Ikhwanul Muslimin (IM) secara diam-diam menyusun strategi yang telah dibawakan Hasan Al-Banna.
Sementara di sisi lain NU mendirikan partai PKB yang dibawa KH. Abdurrahman Wahid, cucu dari pendiri NU. Pada tahun pasca reformasi Indonesia dibayang-bayang perpecahan negara sehingga dibutuhkan tokoh yang dapat menyatukan negeri Indonesia.
Setalah BJ. Habibie gagal mempertahankan wilayah Timor Timur maka diangkat presiden baru yaitu KH. Abdurrahman Wahid dari kalangan Islam tradisional.
Banyak gerakan separatis dan horizontal di masa-masa ini seperti konflik Poso, Tidore, dan Gerakan Aceh Merdeka. BOM meledak terjadi di Bali maupun Jakarta dan gerakan teroris amatir seperti Imam Samudra dan Santoso di Sulawesi diberi hukuman mati di era SBY.