Di era SBY ini juga terjadi banyak kebijakan yang gamang ketika menetapkan kebijakan-kebijakan baru. Banyak ormas-ormas Islam baru bermunculan seperti FPI dan HTI tetap dijaga demi mendapatkan dukungan suara PEMILU dari ormas-ormas Islam baru ini.Â
Sebagai partai baru seperti PKS sempat mendapatkan suara lebih banyak daripada partai-partai Islam seperti PPP, PBB dan PKB. Adapun PAN juga mendapatkan sura yang cukup banyak menyaingi partai PKS.
Ada hal menarik ketika Kementerian Agama masa Orba yang selalu dijabat Islam kalangan Muhammadiyah namun pada masa pasca reformasi dijabat Islam kalangan Nahdlatul Ulama.Â
Namun, di era SBY ini banyak sekali perdebatan dan korupsi masih merjalela, banyak proyek seperti Hambalang mangkrak. Di sisi lain FPI main hakim sendiri dalam merazia tempat-tempat diskotik demi alasan amar ma'ruf nahi munkar.Â
Sementara gerakan HTI dan IM atau KAMMI lebih sibuk mengkader mahasiswa militan dalam mencita-citakan negara Islam atau perda syariah. . Adapun gerakan PMII yang lahir dari tubuh NU lebih memfokuskan pada kampus-kampus UIN atau STAIN dan kampus-kampus Islam Swasta.
Jangan lupa juga markas besar Negara Islam Indonesia terbongkar pada masa SBY di pantura, Indramayu. Namun sampai saat ini hanya masih disterilkan saja atau dalam pemantauan polisi dan pengamanan TNI.
Jadi pada intinya gagasan negara Islam atau Khilafah masih kuat terjaga meski banyak ormas-ormas Radikal seperti HTI dibubarkan. Dikarenakan anggota-anggota/simpatisan dari ormas radikal ini ada yang masih menduduki jabatan PNS baik di tingkatan pendidikan, birokrasi pemda/pemkot ataupun mereka yang duduk di Badan Legislatif. Mereka seakan mati suri yang suatu saat bisa hidup dan tumbuh lebih besar lagi jika pengawasan pemerintah lemah.
