Jika dilihat di zaman sekarang banyak pesantren-pesantren yang berbasis Nahdhatul 'Ulama (NU) tetapi sedikit yang berbasis Muhammadiyah, dan banyak Sekolah-sekolah berbasis Muhammadiyah tetapi sedikit yang berbasis NU.
Pertama, alasan banyak pesantren-pesantren yang berbasis Nahdhatul 'Ulama (NU) adalah karena pada abad ke-13 M banyak wali yang berdatangan ke Indonesia dan menyebarkan agama islam, yang paling terkenal adalah 9 wali yang tersebar di jawa Tengah, jawa timur, dan jawa barat, atau yang lebih dikenal dengan Wali Songo. Beliau menyebarkan islam dengan berbagai cara salah satunya adalah melalui Pendidikan.
Dengan jalur Pendidikan para wali songo tersebut membentuk sebuah "Pesantren", yaitu Pendidikan berbasis islam dengan para santri (murid) yang bermukim ditempat. Dalam sebuah pesantren terdapat lima unsur didalamnya, yaitu Kyai, Santri yang mukim (menetap), Masjid/Musholla sebagai tempat ibadah dan mengaji), Asrama (sebagai tempat tinggal para santri), dan Ngaji Kitab.
Melalui jalur Pendidikan pesantren, agama islam mulai meluas dan melahirkan lulusan-lulusan yang cakap dan paham agama. Para alumni yang telah mengempu Pendidikan di pesanttren tidak hanya diam dan menyimpan ilmunya sendiri tetapi mereka juga membangun dan menyebarkan Madrasah Diniyah yang mengajarkan Pendidikan agama islam. Begitulah Sejarah Madrasah Diniyah tersebar luas di Indonesia.
Kedua, sedangkan alasan banyaknya Sekolah-sekolah berbasis Muhammadiyah adalah karena pada masa penjajahan Indonesia, Muhammadiyah mengambil strategi kemerdekaan melalui kompromi dengan para penjajah dan memasuki system pemerintahannya, sehingga mengubah sekolah-sekolah yang dibagun oleh penjajah yang tadinya hanya mengajarkan pendidikan umum saja menjadi sekolah yang mengajarkan Pendidikan islam juga. Berbeda dengan Muhammadiyah, Nahdhatul 'Ulama (NU) mengambil strategi dengan melawan penjajah melalui pesantren-pesantren tersebut.
Kedua Ormas terbesar di Indonesia sama-sama memiliki peran penting dalam kemerdekaan Indonesia. Hanya cara dan strategi saja yang berbeda yang menjadi ciri khas sampai saat ini. Yaitu banyak pesantren yang berbasis NU tetapi sedikit yang berbasis Muhammadiyah, dan banyak Sekolah-sekolah berbasis Muhammadiyah tetapi sedikit yang berbasis NU.