Akibat pandemi Covid-19 metode awal tahun 2020 kuliah di Universitas Aisyiyah Yogyakarta menggunakan metode full online atau bisa dikatakan daring dan praktikum pun di adakan secara online karena banyaknya penularan yang ada di Provinsi Yogyakarta. Dengan metode daring bisa di maksimalkan oleh Universitas Aisyiyah Yogyakarta. Berbagai sarana komunikasi yang diperlukan dalam pembelajaran akhirnya dapat dimanfaatkan secara optimal untuk tetap memberikan pengalaman belajar yang bermakna bagi mahasiswa. Sarana aplikasi online yang digunakan Universitas Aisyiyah Yogyakarta adalah Zoom, Google meet, Google classroom, Grup whatsapp, Discord, Youtube, dan Lensa UNISA (E-Learning Universitas Aisyiyah Yogyakarta).
Hal tersebut menyebabkan meningkatnya intensitas penggunaan media sosial di kalangan mahasiswa dan karena pandemi covid-19 Universitas Aisyiyah Yogyakarta mempunyai aplikasi sendiri yang dengan nama UNISA_SwaMahasiswa, aplikasi ini diciptakan untuk mahasiswa presensi. Selain itu Universitas Aisyiyah Yogyakarta juga mempunyai website resmi belajar bernama E-Learning Universitas Aisyiyah Yogyakarta yang di ciptakan untuk pembelajaran secara Asynchronous. Hal ini bersifat bagus karena di dalam E-Learning tersebut dapat menyimpan materi materi pembelajaran dari bapak/ibu dosen.
Tetapi semenjak tahun ajaran baru 2021/2022 Universitas Aisyiyah Yogyakarta sudah menggunakan sistem hybrid atau bisa dikatakan menjalankan dua sistem perkuliahan, pembelajaran teori dilaksanakan dengan sistem online dan pembelajaran kuliah praktikum dan kuliah tutorial dilaksanakan secara offline atau tatap muka. Penggunaan sistem hybrid ini ternyata lebih efektif karena mahasiswa yang kurang paham dapat bertanya secara langsung dengan bapak/ibu dosen pada saat kuliah dilaksanakan secara offline atau tatap muka, tidak hanya itu mahasiswa juga bisa merasakan kembali bercengkrama dengan teman teman.
Tidak lupa penggunaan sistem offline di kampus maupun di luar kampus ini juga masih menjalankan protokol kesehatan. Juga tidak hanya pembelajaran saja yang sudah mulai offline tetapi banyak event-event di Universitas Aisyiyah Yogyakarta ini sudah di selenggarakan secara offline.
Maka dari itu banyaknya kegiatan di kampus maupun di luar kampus yang bersifat offline ini menyebabkan peningkatan keketatan protokol kesehatan yang ada di Universitas Aisyiyah Yogyakarta, contoh Universitas Aisyiyah Yogyakarta meningkatakan level protokol kesehatan adalah sebelum masuk ke lingkungan kampus harus melakukan skrining di gerbang depan kampus yang dilakukan oleh satpam-satpam Universitas Aisyiyah Yogyakarta, ada juga Universitas Aisyiyah Yogyakarta mengadakan vaksin masal untuk masyarakat yang mau di vaksin, undangan vaksin tersebut meliputi mahasiswa Universitas Aisyiyah Yogyakarta, dosen dan karyawan Universitas Aisyiyah Yogyakarta, masyarakat sekitar, dan siswa-siswa SMA di Yogyakarta. Hal ini berdampak baik untuk mencegah penularan covid-19 dan membuka lapangan vaksin karena di rumah sakit sangat penuh antrian untuk melakukan vaksin.