Sesuai dengan sistem-sistem pemerintahan yang di terapkan saat ini, baik sistem pemerintahan Monarki, Demokrasi, dan lain-lain dengan model kepemimpinan yang telah ditetapkan, ada yang berupa presidensial ada pula yang parlementer dst. Indonesia merupakan suatu negara yang menganut sistem pemerintahan presidensial, dimana seorang presiden merupakan pemimpin tunggal (kekuasaan tertinggi) di negara ini, sebagaimana diatur dalam Pasal 4 Ayat 1 UUD 1945 yang berbunyi "Bahwa Presiden Republik Indonesia memegang penuh kekuasaan pemerintahan menurut Undang Undang Dasar."
Melihat Indonesia yang mayoritas penduduknya muslim, penggunaan sistem pemerintahan presidensial menjadi pertanyaan posisi dari pemerintah keislamannya. Di dalam sistem ketatanegaraan islam menggunakan sistem khilafah. Pemerintahan ini dipimpin oleh seorang imam yang disebut sebagai khalifah artinya seorang pengganti atau penerus sebab, secara langsung atau tidak langsung ia merupakan pengganti Rasul, yang mengemban dua tugas, baik menjadi seorang penjaga agama serta dalam mengatur urusan dunia. Maka dari itu, sistem pemerintahan ini kemudian lazim disebut khilafah atau kekhalifahan.
Islam memaparkan prinsip-prinsip yang menjadi dasar dari sistem pemerintahan Islam yakni sebagai berikut: 'K.H. Afifuddn Muhajir' menyebutkan:
- Kesetaraan ()
Adanya kesetaraan antar umat manusia merupakan prinsip islam yang membangun atas ikhtikad bahwa seluruh manusia adalah sama baik derajat, kewajiban, hak-hak, meskipun berbeda atnis, ras, suku dll. Seorang pemimpin harus berlaku adil baik dalam hal apapun terutama hubungan antara golongan, kelompok, maupun individu. Surat An-Nahl Ayat 90
- Keadilan ()
Merupakan prinsip asasi yang sangat ditekankan dalam islam. Sebab perintah berbuat adil telah ditaukitkan dalam Alquran. Selain setara, seorang pemimpin diharapkan adil kepada semua orang mencakup aspek distribusi sumber daya alam, hukum, serta hak asasi manusia seperti yang dijelaskan pada Surat An-Nisa Ayat 58
- Musyawaroh ()
Musyawarah sangat penting bagi pemimpin, dalam mengambil sebuah keputusan dibutuhkan adanya keterbukaan antar masyarakat agar ditemukan titik temu yang baik antara mereka. Pemimpin juga harus menerima suara dari rakyatnya, tidak semena-mena dalam kekuasaan. Dalam musyawarah ini, Masyarakat aktif dalam berpartisipasi menyampaikan pendapatnya demi kepentingan Bersama.
- Kebebasan ()
Kebebasan merupakan hak yang melekat dan tidak pernah lepas dari manusia sebagai makhluk yang mendapat anugerah kemuliaan (al-karamah) dari Allah. Kebebasan yang dimaksud adalah dalam hal berpendapat, beragama, dan senantiasa melindungi hak-hak asasi manusia. Kebebasan berpendapat serta keterbukaan kesesama merupakan sifat pemimpin yang amanah. Dengan begitu terciptanya hubungan silaturahmi semakin dekat.
- Pengawasan Rakyat ( )
Dalam syariat Islam, setiap rakyat mempunyai hak atau kewajiban untuk mengawasi, mengontrol, menasehati, dan mengkritik pemimpin yang ia pilih yang berorientasi pada kebaikan bersama. Pemerintahan yang baik yakni dilakukannya pengawasan oleh rakyat untuk mencapai tujuan Bersama, sebagai control penuh terhadap pemerintahan serta mencegah terjadinya penyalahgunaan, kesewenang-wenangan pemerintah terhadap rakyat.
Indonesia meskipun memiliki mayoritas Masyarakat muslim, sistem pemerintahan yang digunakan adalah presidensial. Dalam hal ini, kita ketahui pula bahwa Indonesia juga disebut Bhineka Tunggal Eka yang artinya memiliki banyak keragaman agama, suku, adat, budaya dan lain-lain, serta sudah tertulis di undang-undang dasar dan ideologi negara kita sehingga sistem khilafah tidak cocok diterapkan di negara ini. Meskipun demikian, kita juga dapat memakai prinsip-prinsip dari keislaman dalam menjalankan roda pemerintahan. Pemerintah yang baik harus selalu mengedepankan prinsip-prinsip keislaman dan hak asasi manusia serta adil bagi seluruh rakyatnya