Pukul 9 pagi waktu Indonesia, 5 (lima) jam pasca Jeda Kemanusiaan ditandatangani di Jenewa, 3 (tiga) Komisioner Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM) yang getol mengawal isu Papua yaitu Taufan, Beka Ulung Hapsara, dan Mohammad Choirul Anam mengakhiri masa tugas. Sedangkan menurut Ketua Komnas HAM Atnike Nova Sigiro, Komisioner Anyar baru mendapatkan draft nota kesepahaman Jeda Kemanusiaan namun belum menerima penjelasan perihal bagaimana berjalan dan berlangsungnya Jeda Kemanusiaan di Papua nanti untuk periode Desember 2022 hingga Februari 2023. Atnike menjelaskan bahwa Komnas HAM sangat berhati-hati dalam menyikapi Jeda Kemanusiaan. Pasalnya, Jeda Kemanusiaan hanya dimaksudkan untuk menanganai persoalan di Maybrat karena periode pelaksanaanya yang singkat dan tidak memungkinkan diberlakukan di seluruh Papua.
Pada 29 November hingga 1 Desember 2022 Tentara Pembebasan Nasional Papua Barat (TPNPB) membahas Jeda Kemanusiaan dalam sidang darurat yang digelar di Markas Komando Daerah XV Ngalum Kupel. Sebagian besar personel TPNPB menolak adanya Jeda Kemanusiaan karena merasa tidak melibatkan para aktor yang berkonflik dalam pembahasannya. Menurut Yorrys Raweyai selaku anggota Dewan Perwakilan Daerah asal Papua, Jeda Kemanusiaan sudah pernah diterapkan sejak era Presiden Soeharto hingga lengser dan berlanjut di era B.J. Habibie namun upaya itu gagal.
Disamping itu, Mahfud Md. selaku Menteri Koordinator Politik, Hukum dan Keamanan menilai bahwa Jeda Kemanusiaan sebatas masukan bagi pemerintah Indonesia dikarenakan dalam perundingannya tidak melibatkan Indonesia dan Organisasi Papua Merdeka. Bahkan, ia menggarisbawahi bahwa pasca nota kesepahaman itu ditandatangai justru terjadi 8 (delapan) kali konflik di Papua yang mengakibatkan 9 (sembilan) personel keamanan dan warga sipil tewas.