Pelabuhan Nusantara menjadi sektor utama yang mendukung pertumbuhan ekonomi masyarakat disekitarnya. Sumber daya lautnya yang memiliki banyak manfaat juga bisa dikelola dan dijadikan sumber pendapatan bagi masyarakat pribumi.
Pelabuhan Nusantara kendari dalam aktivitas ekonominya telah memberikan manfaat yang besar dimana fasilitas produksi, pemasaran hasil perikanan, pengawasan pemanfaatan dan pelestarian sumber daya ikan, mendukung kegiatan yang berhubungan dengan pemanfaatan dan pelestarian lingkungannya, serta penyerapan tenaga kerja. Pelabuhan Nusantara menjadi basis perikanan laut dan menjadi ekspor hasil perikanan andalan Sulawesi Tenggara.