Film ini mengisahkan tentang seorang anak MTSN yang dipaksa masuk ke pondok pesantren oleh orangx tuanya, kemudian diwajibkan mengikuti aturan-aturan pondok, dimana bila melanggar maka hukumannya adalah malah dia sendiri yang disuruh mencari kesalahan orang kemudian dicatat dalam kartu khusus.
Nama anak itu Alif Fikri, dia adalah salah satu penghuni Pondok Madani yang mengalami kejadian itu, menjadi jasus atau mata-mata di dalam pondok karena tanpa sengaja terlambat 5 menit datang ke masjid bersama 5 temannya Raja, Said, Dulmajid, Atang dan Baso.Kisah Alif Fikri yang tinggal di Pondok, membuat pembaca mengetahui bahwa bersekolah di pondok itu tidak monoton belajar tentang agama saja, membaca dan menghafal Al Qur'an saja, tetapi lebih kepada penerapan kehidupan sehari-hari seperti sekolah umum lainnya dengan tetap mengedepankan dasar / syariat agama Islam. Di novel ini dilukiskan Tinggal di pondok selain bisa tetap menyalurkan hobbi, Alif dan kelima kawannya bersama-sama dengan segala kemampuannya bersusah payah mengejar impian mereka masing-masing.
Film Negeri 5 Menara ini dibungkus dengan bahasa yang mudah dicerna. Ceritanya tidak membungungkan penonton. Menonton film ini bagaikan menikmati laporan jurnalistik seorang wartawan kawakan. Begitu detail. Beberapa nama tempat dan fakta yang disebut otentik,Negeri 5 Menara menampilkan sisi kehidupan berbeda yang mungkin tidak pernah kita tahu, kehidupan pondok dan pola pendidikan disana. Selain itu negeri 5 menara juga menampilkan sisi-sisi manusiawi yang sering kita rasakan, dan disini kita akan mendapatkan sebuah solusi yang bijaksana yang mungkin bisa menginspirasi kita. Yang jelas novel ini sangat cocok untuk para pemimpi sejati.