Sebelum era penjajahan Inggris, pembayaran zakat di Malaysia tidak diurus oleh lembaga resmi. Praktiknya lebih bersifat tradisional, di mana masyarakat memberikan zakat secara perseorangan kepada guru agama, yang kemudian mendistribusikannya kepada asnaf sesuai kebutuhan. Namun, keberlanjutan praktik ini seiring dengan masa penjajahan Inggris menjadi semakin tidak pasti.
Pada masa penjajahan Inggris, terjadi pembagian administrasi negeri-negeri yang berhubungan dengan Islam dan Adat Istiadat Melayu kepada satu badan resmi, yang kini dikenal sebagai Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu (MAIAIM). Badan ini menjadi penanggung jawab pengelolaan zakat di Malaysia, dengan sistem yang lebih terstruktur.
Meskipun pengelolaan zakat terus berkembang, tetapi unsur-unsurnya umumnya tetap sama di setiap negeri. Namun, Kedah merupakan pengecualian dengan pengelolaan zakat di bawah badan lembaga zakat yang dikenal dengan jawatankuasa zakat.
Undang-undang zakat di setiap negeri dibuat oleh Majlis Perundang-undangan negeri masing-masing. Namun, kebebasan dalam membuat undang-undang zakat mengakibatkan adanya perbedaan dalam aspek pengelolaan dan penerapan undang-undang zakat di setiap wilayah.
Sehingga, pengelolaan zakat di Malaysia sangat bergantung kepada undang-undang masing-masing negeri, tanpa adanya undang-undang zakat nasional yang menyatukan sistem pengelolaan zakat. Di samping itu, pengelolaan zakat juga masih tergantung pada kebijakan wilayah persekutuan dan negeri-negeri masing-masing.
Meskipun demikian, upaya untuk mengurus zakat dalam skala nasional dan menjadikannya sebagai salah satu bentuk dasar kebijakan fiskal di Malaysia terus diusahakan, mencerminkan pentingnya pengelolaan zakat dalam konteks sosioekonomi negara.