Tepat kurang tiga hari sebelum datangnya azab yang diperingatkan melalui wahyu, Nabi Yunus menyeru kepada kaumnya, "Hai, Kaumku, bertaubat lah kalian dari perbuatan sia-sia, dan berserah diri lah kepada Allah, Tuhanku, dan Tuhanmu."
Kaum Nabi Yunus bergeming, dan melanjutkan cara hidup penuh dengan kesesatan dan ketergantungan kepada selainNya.
Esok harinya, Nabi Yunus mengulanginya lagi, "Hai, Kaumku, berhenti lah melakukan perbuatan yang tidak diridhoi oleh Allah. Berbuat baiklah untuk kehidupan akhirat kalian."
Kaum Nabi Yunus masih tidak berubah. Mereka masih menganggap seruan itu angin lalu saja. Mereka masih melanjutkan kebiasaan-kebiasaan lama yang jauh dari adab yang baik.
Mendapati kenyataan ini, Nabi Yunus tidak tabah hati menghadapi kaumnya. Ia kemudian minggat tanpa permisi meninggalkan kaumnya yang semakin lama semakin dalam kesesatan.
Dalam perjalanan minggatnya ini, Nabi Yunus harus mengendarai perahu beserta rombongan besar lainnya menuju negeri seberang. Sial belaka, terpaan badai dan ombak besar membuat perahu linglung dan hendak tenggelam. Berdasarkan kepercayaan masyarakat saat itu, untuk menyelamatkan seluruh isi perahu, harus mengorbankan salah satu penumpang. Rela diceburkan ke laut sebagai tumbal.
Diundi satu kali, keluar nama Nabi Yunus. Diundi dua kali, masih nama yang sama. Diundi ketiga kalinya, masih nama Nabi Yunus yang muncul. Maka, semua penumpang, dan termasuk Nabi Yunus harus sepakat bahwa Ialah yang harus diceburkan sebagai 'ruwat' agar seluruh penumpang lainnya selamat.
Para ulama menafsirkan kejadian ini sebagai sanksi atas minggatnya Nabi Yunus meninggalkan kaum yang masih tersesat. Padahal belum ada perintah hijrah dari Allah SWT.
Nabi Yunus kemudian dijadikan santapan ikan paus di lautan. Atas kehendak Allah, perut ikan besar itu menjadi masjid yang dijadikan oleh Nabi Yunus tempat bersujud dan bertafakur merenungi kesalahan yang baru saja Ia lakukan.
Sehari sebelum diserukan akan ada azab, masyarakat yang ditinggalkan Nabi Yunus tadi mulai sadar bahwa tidak ada lagi yang memberikan peringatan seperti halnya kemarin-kemarin. Merasa ada yang janggal, diintipnyalah bilik rumah Nabi Yunus, ternyata mereka mendapati Sang Nabi sudah tidak ada di tempat. Kabar ini sontak membuat gempar kampung tersebut.