Wewenang penerapan karantina wilayah berada di tangan pemerintah pusat sesuai dengan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2018 Tentang Kekarantinaan Kesehatan Pasal 5 (1) yang menjelaskan "Pemerintah Pusat bertanggung jawab menyelenggarakan Kekarantinaan Kesehatan di pintu Masuk dan di wilayah secara terpadu".
Dorongan masyarakat untuk pemerintah pusat menerapkan karantina wilayah baik nasional maupun lokal tidak diterapkan oleh pemerintah. Pemerintah pusat mengeluarkan kebijakan Pembatasan Sosial Berskala Besar dimana hal tersebut sama saja dengan penerapan social distancing, physical distancing, serta work from home.
Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2018 Tentang Kekarantinaan Kesehatan Pasal 59 (3) menjelaskan:
Pembatasan Sosial Berskala Besar sebagaimana dimaksud pada ayat (1) paling sedikit meliputi:
a. peliburan sekolah dan tempat kerja;
b. pembatasan kegiatan keagamaan; dan/atau
c. pembatasan kegiatan di tempat atau fasilitas umum.
Kebijakan yang dikeluarkan pemerintah pusat bisa menghasilkan dampak yang sama saja karena kebijakan tersebut tidak ada bedanya dengan apa yang sudah di lakukan sekarang. Pemerintah pusat juga mengeluarkan kebijakan bahwa kebijakan pembatasan social berskala besar didampingi kebijakan darurat sipil.
Menurut penulis kebijakan darurat sipil digunakan pemerintah pusat untuk menanggulangi aspek-aspek akibat dampak COVID-19 yang bisa saja berujung kerusuhan. Hal tersebut bisa terjadi apabila pemerintah pusat salah mengambil langkah kebijakan dan mempengaruhi kehidupan masyarakat. Ketegasan pemerintah dibutuhkan namun kebijakan darurat sipil adalah bentuk ketakutan pemerintah jika terjadi kerusuhan akibat salah mengambil kebijakan atau situasi bertambah parah, maka pemerintah dapat menggunakan cara-cara otoriter. Menurut penulis mekanisme dalam Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2018 Tentang Kekarantinaan Kesehatan harus lebih maksimal diterapkan dibanding menggunakan kebijakan darurat sipil.
Beberapa daerah di Indonesia sudah melakukan inisiatif karantina wilayah lokal seperti di daerah Tegal, Tasikmalaya, Makassar, Ciamis, dan Papua. Gubernur Jawa Barat juga mengizinkan daerah di Jawa Barat untuk melakukan Karantina Wilayah "Parsial" yang sebenarnya tidak ada aturan mengenai karantina wilayah lokal parsial yang seharusnya kebijakan tersebut wewenang pemerintah pusat. Gubernur DKI Jakarta Anies Baswedan pun sudah meminta izin kepada pemerintah pusat untuk menerapkan karantina wilayah.
Presiden Jokowi mengingatkan "Saya ingatkan kebijakan kekarantinaan kesehatan, termasuk karantina wilayah, adalah kewenangan pemerintah pusat, bukan kewenangan pemerintah daerah,". Hal tersebut membuktikan pemerintah pusat lemah dalam mengkontrol pemerintah daerah sesuai dengan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2018 Tentang Kekarantinaan Kesehatan Pasal 5 (1).